photo shot in Chicago, USA (Dec. 2016)

有女吳晗雅(霓)

此生無憾呀(矣)

追芬®成功®吳妻®大肚®加人 (基隆)

吳謂勝 (吾謂勝,謂之勝也) 
目前表現仍有辱此名


 Wesson Wu
(微生物)

難怪我會研究酵母菌  It is written in my name!

職稱

教授

電話
 +886-6-275-7575 ext. 62426 or ext. 62400-1479 (or -1406)
傳真
 +886-6-234-5482
電子信箱
wessonwu@mail.ncku.edu.tw
實驗室
計算系統生物學實驗室(台南市大學路1號電機系館8F) 92803 & 92806 & 92879
開授課程

 

See 開授課程 from 2009/02 to 2016/06

105學年度第一學期 芝加哥大學休假研究 105學年度第學期 計算系統生物學研究
生物資料整合與分析
專題討論(二)MS
106學年度第一學期 計算系統生物學程式語言
系統生物學概論
106學年度第學期 服務學習(二)
計算系統生物學研究

生物資料整合與分析
專題討論(二)MS
(107, 108, 109, 110, 111)學年度第一學期 計算系統生物學程式語言
系統生物學概論
(107, 108, 109, 110, 111)學年度第學期 計算系統生物學研究
生物資料整合與分析
專題討論(二)MS

 

學歷

座右銘: 勤能補拙 (我不是天才,表現比別人強,純粹是我比較認真!)
 


2001-2007 國立清華大學電機工程研究所(陳博現老師實驗室) 博士 平凡土博。身體出毛病讓我放棄去美國加州柏克萊大學電機系念博士,此為我人生第二次跌跤
1998-2000 國立清華大學電機工程研究所(趙啟超老師實驗室) 全所第一名畢業(斐陶斐榮譽會員)
1994-1998 國立清華大學電機工程學系98級清班 學士 全系第三名畢業(數次書卷獎),敗給石志聰及韋安琪
1991-1994 台北市立建國高級中學4633   1.全班第三名畢業(敗給端木茂甯劉冠霆)
2.數次段考全班第一,但沒得過全校性獎項,因建中天才[e.g. 顧毅康]太多
3.段考平均90分可上司令台領獎,我有次差點達標。
4.建中數學資優初選過關,可惜複選被篩掉。
5.高三模擬考全校百名內,可惜大學聯考沒考出實力(只考出440分),無法上台大電機系(12)or台大資工系,分數有到但不想念台大資管系及台大工管系,故以高於錄取分數20分之姿進入當年第五志願清大電機系就讀,此為我人生第一次跌跤若當年大學聯考有採計在校成績,相信我應能錄取台大電機系,真是生錯年代(好想跟一堆天才同場競技啊!)
1988-1991 台北縣立中山國民中學   第一名畢業(一次段考全校第一,多次段考全校前十。)
1982-1988 台北縣立中山實驗小學   全班第一名畢業(縣長獎)

經歷

   
昶裕國際股份有限公司顧問 2022/01-2022/05
成功大學合作社理事 2020/01-2021/12
成功大學合作社社員代表 2019/12-2022/12
太皇園第25,26屆管理委員會機械委員 2019/11-2021/11
成功大學合作社監事 2019/01-2019/12
微生物體科學與應用研究中心成員 2018/10-now
精準生物醫療研究中心成員 2018/10-now
美國韋恩州立大學醫學院Yan-Yuan Tseng教授實驗室 & 西北大學醫學院Liming Li教授實驗室 & 芝加哥大學分子遺傳及細胞生物學系Heng-Chi Lee教授實驗室 & 芝加哥大學生態與演化學系Manyuan Long教授實驗室訪問學者 2019 July & Aug., 2018 July & Aug., 2017 July & Aug.
科技部工程司控制學門複審委員 2018/01-2020/12
太皇園第23屆管理委員會弱電委員 2017/11-2018/11
成功大學電機工程學系控制組教授 2017/08-now
美國芝加哥大學生態與演化學系Manyuan Long教授實驗室訪問學者 2016/07-2017/02
台灣演化與計算生物學會第二屆理事 2014/11-2016/11
德國海德堡大學IWR訪問學者 2014 July & 2015 July
太皇園第19,20屆管理委員會弱電委員 2013/11-2015/11
成功大學電機工程學系控制組副教授 2013/08-2017/07
成功大學合作社理事 2011/01-2012/12
成功大學電機工程學系控制組助理教授 2009/02-2013/07
美國芝加哥大學生態與演化學系李文雄院士實驗室博士後研究 2007/10-2009/01
美國芝加哥大學生態與演化學系李文雄院士實驗室訪問學生 2004 Jan. & Aug.
清華大學電機工程學系專任助教 2000/08-2001/07


 
台灣演化與計算生物學會 終身會員
中國工程師學會 終身會員
中國電機工程師學會 終身會員
中華民國資訊學會 終身會員



 
時間 地點 目的 參與人員
2004 Jan. 芝加哥大學生態與演化學系李文雄教授實驗室 訪問 Wesson, 陳博現老師
2004 Aug. 芝加哥大學生態與演化學系李文雄教授實驗室 訪問 Wesson
2006 Mar. Hua Hin, Thailand 風箏節 Wesson, ChinLi
2006 Aug. Bali, Indonesia 風箏節 Wesson, ChinLi, Autumn
2006 Sept. Dieppe, France 風箏節 Wesson, ChinLi, Autumn
2006 Dec. Cold Spring Harbor, USA Conference Wesson, 王禹超, 陳博現老師
2007 Mar. Adelaide, Australia 風箏節 Wesson, Autumn
2007/10~2009/01 芝加哥大學生態與演化學系李文雄教授實驗室 Postdoc Wesson, Autumn
2010 Oct. 芝加哥大學生態與演化學系李文雄教授實驗室 訪問 Wesson
2010 Oct. San Francisco, USA Conference Wesson
2011 Mar. San Diego, USA Conference Wesson, 廖寶琦老師
2011 Aug. Mannheim, Germany Conference Wesson, Autumn, Henya
2012 Aug. Toronto, Canada Conference Wesson, 王禹超, 杜建達, 阮雪芬老師, 黃宣誠老師
2014 July IWR, Heidelberg, Germany 訪問學者 Wesson, Autumn, Henya, Hannie, 張天豪老師,曾大千老師,王育民老師,莊哲男老師
2014 Dec. Tokyo, Japan Conference Wesson, Autumn, Henya, Hannie, 劉宗霖老師, 張天豪老師
2015 July IWR, Heidelberg, Germany 訪問學者 Wesson, Autumn, Henya, Hannie, 邱家軍
2015 Sept. Tokyo, Japan Conference Wesson, 劉宗霖老師, 張天豪老師,邱家軍
2016/07~2017/02 芝加哥大學生態與演化學系龍曼遠教授實驗室 訪問學者 Wesson, Autumn, Henya, Hannie
2017 July & Aug. 芝加哥大學李亨啟教授實驗室 訪問 Wesson, Autumn, Henya, Hannie
2018 July & Aug. 芝加哥大學李亨啟教授實驗室 訪問 Wesson, Autumn, Henya, Hannie
2019 July & Aug. 芝加哥大學李亨啟教授實驗室 訪問 Wesson, Autumn, Henya, Hannie
2019 Sept. Kyoto, Japan Conference Wesson, Autumn, Henya, Hannie, 陳廷瑜
2019 Nov. Okinawa, Japan Conference Wesson, Autumn, Henya, Hannie, 阮雪芬老師, 黃宣誠老師, 魏安褀老師, torbjörn nordling老師
       
       



我與芝加哥大學李亨啓教授合作找出線蟲中piRNA的結合法則之研究成果榮登Science期刊   2018.03.01

 

 

 

piRNA對於細胞抵禦外來核酸扮演重要角色,piRNA可以結合到這些外來核酸上並且抑制這些核酸的表現。線蟲細胞內大概有15000piRNA。由於不知道piRNA結合到核酸的規則為何,所以對於piRNA的功能以及它會結合到什麼核酸都無法有效地進行研究。

芝加哥大學李亨啓教授及成功大學吳謂勝教授的國際合作團隊,找出線蟲中piRNA的結合法則。利用找出來的法則可以解釋為何外來核酸進到線蟲生殖細胞後通常表現都會受到抑制,另外我們透過更改外來核酸序列使其不會被piRNA結合而能成功在線蟲生殖細胞內表現,更證明了我們找出的piRNA結合法則是對的。我們也發現其實線蟲本身的核酸大概有一半也會被piRNA結合,然而因為它們序列裡面含有PATCs (periodic An/Tn clusters),使得它們的表現並不會被抑制。也就是說,線蟲可以根據核酸內是否含有PATCs來判斷這核酸是自己的還是外來的,如果是自己的就不抑制其表現,如果是外來的就抑制其表現。本研究對於線蟲piRNA功能的研究結果很可能也可推廣到其他高等物種如老鼠或人類上。

線蟲生物學家在做研究時會想要把外來的螢光蛋白表現在線蟲的生殖細胞內。然而這外來的螢光蛋白的核酸序列通常會被piRNA結合而抑制其表現,這問題已經困擾線蟲生物學家二十年了。但是,從今以後線蟲生物學家就可以根據我們找到的piRNA結合法則去更改螢光蛋白的核酸序列,以逃脫piRNA的結合而能成功表達螢光蛋白,這對線蟲生物學家將會是一大福音。吳謂勝教授及其碩士班學生黃偉哲目前正在開發一個網頁工具,讓線蟲生物學家可以輸入他們想在線蟲表達的核酸序列。這個網頁工具會偵測輸入的核酸序列會被那些piRNA所結合,然後提供如何去更改這個核酸序列的建議,使得改過的序列可以逃脫piRNA的結合而順利表現。相信這個網頁工具將會成為在線蟲研究領域中一個非常有用的工具!

吳謂勝教授於20167月到20172月在芝加哥大學進行休假研究。在20171月底的台灣同學會農曆春節聚餐場合上,認識了在芝加哥大學分子遺傳及細胞生物學系任教的李亨啓教授。由於吳教授專長是生物資訊而李教授是線蟲實驗生物學家,所以很快就談起研究合作的可能性。李教授便將他正在做的有關線蟲piRNA結合法則的研究和吳教授討論,討論之後便決定由吳教授幫忙把線蟲piRNA結合法則實作成一個網頁工具來方便李教授使用,將來若此工具發表後則可供所有線蟲生物學家使用。李教授也因把使用吳教授的網頁工具做的一系列的分析結果放在他的Science論文內,而把吳謂勝教授及其碩士班學生黃偉哲列為Science論文的共同作者

 

 

新聞報導

成大電機系教授吳謂勝開發利器 助線蟲研究大突破榮登《Science

捷報!電機系吳謂勝教授與芝加哥大學國際合作團隊 研究成果躍登Science期刊

別小看線蟲 戲稱為諾貝爾獎得主大恩人

 

專長及研究領域

 

2021年是我的產學元年 (耗損我不少的研究精力但收入增加41萬,值得?!)

計算系統生物學實驗室簡介投影片

 

  • 各種資訊分析工具及資料庫開發 任何領域皆可,歡迎有興趣的民間公司找我洽談產學合作計畫

  • 財經分析網頁工具開發

  • 金融大數據分析Fintech

  • 雲端APP應用開發

  •  區塊鏈應用開發

  •  

  • Deep Learning解各種生物領域的分類問題 (題目多如牛毛,做也做不完,可以出到滿手論文!)

  •  

  • 計算系統生物學   (簡介投影片 此為電機最新領域!!

  • 計算轉錄體學(基因調控網路建模)

  • 計算蛋白體學(質譜資料分析、蛋白質晶片資料分析)

  • 計算非編碼核糖核酸體學

  • 計算表觀遺傳體學

  • 癌症研究

  • 線蟲piRNA, tRFs, rRFs研究

  • circRNA研究

  • 蘭花基因體研究

  • 川崎症研究

  • 生物資料庫及生物伺服器建立

  • 提出及解答有趣的生物問題

 

 

我們實驗室就是專門培養Data Scientists來處理生物大數據資料

新聞報導:

Data scientist is the 'best job in America' for 2019

 


本實驗室發展之網頁伺服器及網頁資料庫

1 網頁資料庫 YPA (Yeast Promoter Atlas)  和張天豪老師合作開發 (Perl) 
NAR選為featured article
NAR Database 2011 Not accessible anymore
 
2 網頁伺服器 YGA (Yeast Genes Analyzer)  和張天豪老師合作開發 (Perl) Gene 2012 Not accessible anymore
3 網頁伺服器 MissVIA (Missing Value Imputation Atlas)  (PHP) BMC Bioinformatics 2013 Not accessible anymore
 
4 網頁資料庫 YTRP (Yeast Transcriptional Regulatory Pathway) (PHP) Database 2014 Cosbi3, Cosbi6
5 網頁資料庫 YNA (Yeast Nucleosome Atlas)  和廖泓鈞老師合作開發 (PHP) BMC Genomics 2014 Cosbi3, Cosbi6
6 網頁資料庫 cis-MEP (cis-regulatory Module Epigenetic Profile Database for Drosophila Melanogaster)  博士班學生楊子賢獨自開發 (PHP) BMC Systems Biology 2014 Cosbi3, Cosbi6
7 網頁伺服器 iPhos (a toolkit to streamline the alkaline phosphatase-assisted comprehensive LC-MS phosphoproteome investigation)    和廖寶琦老師合作開發 (PHP) BMC Bioinformatics 2014 Cosbi3, Cosbi6
 
8 網頁資料庫 YAGM (Yeast Associated Gene Miner) (PHP) BMC Systems Biology 2015 Cosbi3, Cosbi6
9 網頁伺服器 PCTFPeval (Predicted Cooperative TF Pairs evaluator) (PHP) BMC Bioinformatics 2015 Cosbi, Cosbi6
 
10 網頁資料庫 CoopTFD (Cooperative TFs Database) (PHP) Database 2016 Cosbi, Cosbi2Cosbi6
11 網頁資料庫 YCRD (Yeast Combinatorial Regulation Database) (PHP) Plos One 2016 Cosbi, Cosbi2, Cosbi6
 
12 網頁伺服器 MVIAeval (Missing Value Imputation Algorithm evaluator) (PHP) BMC Bioinformatics 2017 Cosbi, Cosbi6要修
13 網頁資料庫 CSmiRTar (Condition Specific miRNA targets)   和曾大千老師合作開發 (PHP) Plos One 2017 Cosbi, Cosbi4, Cosbi6
14 網頁資料庫 IRES Database  和曾大千老師合作開發 (PHP) 放棄發表(我沒精力去寫成論文) Cosbi2, Cosbi6
15 網頁資料庫 YGMD (Yeast Gene Modules Database)  (PHP) Database 2017 Cosbi, Cosbi4, Cosbi6
 
16 網頁伺服器 pirScan (piRNA target site prediction tool)   和李亨啓老師合作開發 (Python) NAR Web Server 2018 Cosbi2, Cosbi4, Cosbi6
17 網頁資料庫 YARG (Yeast Arsenic-Related Genes)   Dr. Jagat Rathod合作開發 (Python) Plos One 2018 Cosbi2, Cosbi4, Cosbi6
18 網頁伺服器 HRPDviewer (Human Ribosome Profiling Data Viewer)   和曾大千老師合作開發 (Python) Database 2018 Cosbi4, Cosbi6要修
19 網頁伺服器 YHMI (Yeast Histone Modification Identifier)   (Python) Database 2018  Cosbi4   http://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/YHMI/
 
20 網頁資料庫 piRTarBase (piRNA target database)  和李亨啓老師合作開發 (Python) NAR Database 2019 Cosbi6, Cosbi4
21 網頁伺服器 p53BLD (p53 Binding Loci Database)  和廖泓鈞老師合作開發 (PHP) Clinical Microbiology and Research 2019
沒人喜歡 我超傻眼
Cosbi2, Cosbi4
 
22 網頁伺服器 YQFC (Yeast Quantitative Feature Comparator)      (Python) Database 2020  Cosbi2, Cosbi4, Cosbi6
23 網頁伺服器 Oral microbiome tool 和吳哲宏老師合作開發 (Python) 放棄發表(我沒精力去寫成論文) http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/z70180/qiime_filter_default/
http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/z70180/qiime_filter_default/
http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/z70180/Denoise_Upload/
http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/z70180/Denoise_Upload/
 
24 軟體 RPiso (Ribo-seq data processing tool) 和曾大千老師合作開發  (Perl) BMC Bioinformatics 2021
http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/RPiso/
http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/RPiso/
http://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/RPiso/
25 網頁資料庫 OrchidBase 4.0 和蔡文杰老師合作開發 (ASP) BMC Plant Biology 2021 http://orchidbase.itps.ncku.edu.tw/
26 網頁資料庫
YPIBP    Dr. Jagat Rathod合作開發 (Python)
Computational and Structural Biotechnology Journal 2021 Cosbi7
Cosbi4, Cosbi6 (Old version)
http://140.116.215.238/~rdchen1124/PCP/home/web?fbclid=IwAR3uZEsXRXEXB9bQNJlSjQ4wFCS12K9rMhjqauvrc4BqFf98GfwlKvZEpZg
(Old version)
27 網頁資料庫 Cancer DEIso (A Database for Differentially Expressed Isoforms/Genes Human Cancers) 和曾大千老師合作開發 (Python) Computational and Structural Biotechnology Journal 2021 Cosbi4
28 網頁資料庫 LCMD (Lung Cancer Metabolome Database) 和廖寶琦老師合作開發 (Python) Computational and Structural Biotechnology Journal 2021 http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/z70180/lungcancer
http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/LCMD/

https://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/LCMD/
 
29 網頁伺服器 CLASH Analyst   和李亨啓老師合作開發  (Python) Noncoding RNA 2022 http://cosbi.ee.ncku.edu.tw/master_project/browse/
http://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/master_project/browse/
https://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/CLASHanalyst/
https://cosbi.ee.ncku.edu.tw/CLASHanalyst/
30 網頁資料庫 KDmarkers (A biomarker database for Kawasaki disease)  和郭和昌醫師合作開發 (Python) Computational and Structural Biotechnology Journal 2022 https://cosbi.ee.ncku.edu.tw/KDmarkers/
31 網頁伺服器 YMLA (Yeast Multiple Lists Analyzer)   (Python)   http://cosbi.ee.ncku.edu.tw/st9_project/Heatmap/
http://cosbi.ee.ncku.edu.tw/st9_project/Heatmap/
http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/YPIsBP/heatmap/
32 網頁伺服器 PCP   和陳健生老師合作開發 (PHP) 放棄發表(我沒精力去寫成論文) Cosbi4, Cosbi6
http://140.116.215.238/~rdchen1124/PCP/home/web?fbclid=IwAR3uZEsXRXEXB9bQNJlSjQ4wFCS12K9rMhjqauvrc4BqFf98GfwlKvZEpZg
33 網頁資料庫 miRTarCLASH (miRNA Targets identified from CLASH data)   和李亨啓老師合作開發 (Python) xx  
22 網頁資料庫 YHCD (Yeast Histone Code Database)    
22 網頁資料庫 YGLA (Yeast Gene List Atlas)    
23 網頁伺服器 YGFI (Yeast Gene Feature Identifier)   http://140.116.215.235/haoping/home/  
24 網頁資料庫 ceRNAnet    
25 網頁資料庫 tRFBase (tRFs database)  和李亨啓老師合作開發 (Python) 放棄發表(我沒精力去寫成論文) http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/tRFBase
http://cosbi7.ee.ncku.edu.tw/tRFBase
26 網頁伺服器 YNCI (Yeast New Candidates Identifier) 找出新的成員    
27 網頁伺服器 YGPA (Yeast Gene Pairs Analyzer)    
28 網頁資料庫 YPPD (Yeast Prion Protein Database)    
29 網頁資料庫 YHRG (Yeast Hypoxic Response Genes)    
    COOPsreRNAs (COOPerative small regulatory RNAs)   miRNA-piRNA, miRNA-miRNA, piRNA-piRNA
  網頁資料庫 股票網站    
    CLIPmirtar: a repository for miRNA targets identified by reanalyzing CLIP data (human, c. elegans)    

http://140.116.215.235/astwastw/login/?next=%2Fastwastw%2Ffinancial_home%2Fhome%2F%3Ffbclid%3DIwAR1Abes_fFKYQ6MVfwEN4TQw8r5Vwywb3W0nHAiYT06lTlihpNDjxFToAvE&fbclid=IwAR0Ul2om09LMKl9srMJ7QGdDTbqBnz7yQnX3jXIfnGkWfFhqrM4IIKZh-Ik

本實驗室建立網頁資料庫和伺服器之程式語言組合:

Linux系統 + Perl (2011~2012)
  
Linux系統 + PHP (2013~2017)
  
Linux系統 + Python (2018~now)


好資料庫要具備以下特點 (from a reviewer's comment)

It is key to have a database that serves as a controlled repository and gives access to the data in a flexible manner.

The potential utility would be to enable prospective investigation of these datasets through integrative and exploratory data mining.

A database is a tool to manage and give access to data.

Clearly, the question of its utility must be addressed.

For a database to become and stay useful, it requires

   - a clear description and policy of how one selects data that is inserted in the database

   - a method to update the database and a plan to update (and maintain) it

   - a reproducible method for processing the data and a clear description of it

   - useful ways for the user to access and obtain the data.



可轉投BMC期刊的研討會
APBC (Asia Pacific Bioinformatics Conference)  一月舉辦
InCoB (International Conference on Bioinformatics)
GIW (International Conference on Genome Informatics)
ISB (International Conference on Computational Systems Biology)
WCSB (International Workshop on Computational Systems Biology)


待清倉 Missing value演算法, high K genes, high isoform genes,  lethal pairs

生物知識Video

DNA --> RNA --> Protein

A New Frontier: Systems Biology 

Lee Hood MD PhD - Institute for Systems Biology

DNA Science            一堆鼎鼎大名的生物學家都出現在影片中 看完你就入門了

         Part I  The Secret of Life

         Part II  Playing God

         Part III  The Human Race

         Part IV  Curing Cancer

         Part V  Pandoras Box

Gene regulation part I

Gene regulation part II

Programming of life

Creating life (Synthetic biology documentary)

Can we live forever?

How does the brain work?

Evolution - why sex?

Epigenetics - The ghost in your genes

James Watson: How we discovered DNA

RNAi

  ■ RNAi

  ■ Genome Editing

碩士班該學什麼?    (清大彭明輝教授)

引用以下彭老師文字:

  文獻回顧與分析的過程可以很紮實地培養出分析問題的能力與吸收新知識的速度,所以我一向把文獻回顧與分析的能力看成碩士班最重要的學習內容,所以寫了「學術文獻回顧與分析的程序與技巧 」這一篇文章給碩士班新生。此外,學生跟我學習的兩年期間內,從碩一一開學就要每週要報告一次論文給我聽,然後我每次都會指出學生的錯誤,投影片製作沒有重點,分析論文不夠深入,找的論文沒有價值等等。這整個過程都是在建立學生分析與批判的能力。

    但是很多學生覺得這過程很痛苦,因為很多過去的習慣都必須要改,才有辦法把論文讀得又快又透徹。學生往往看不到自己以後的需要,因而只顧眼前的開心與溫馨。其實,開心而溫馨的研究室往往只能學到皮毛(到處都可以學的coding、儀器操作、跟國內業界的需要有距離的「專業知識」),而學不到真正的分析能與批判能力(適用於各種行業,隨著產業急遽變化,這些能力可以帶著走,到處都有用)。

 

學術文獻回顧與分析的程序與技巧    (清大彭明輝教授)


 Institute for Systems Biology 系統生物學的發源地

Computational and Systems Biology at MIT

Systems Biology at Harvard University

 

清大電機陳博現教授已經培養出專長為計算系統生物學的7位博士以及22位碩士。目前尚有4位博士生6位碩士生從事系統生物學研究,顯示電機人也能做生物研究。(2013/08/07)
2010清大電機陳博現教授以「用系統工程方法設計強健生物IC電路」為主題,獲得國科會學術攻頂計畫補助一年一千五百萬經費共五年,期望能夠造就具有諾貝爾獎級實力的研究人才。
台大系統生物學研究中心獲得教育部第二期五年五百億經費補助,顯示系統生物學將成為未來主流研究。
中研院與台大合開基因體與系統生物學學位學程,顯示此種跨領域人才的培育是未來的主流方向。
本人2001年放棄到UC Berkeley學通訊,改留在清大向陳博現老師學習計算系統生物學。我敢轉領域,你呢?
本人為台灣第一批專長為計算系統生物學的計算生物學家,期能為台灣多培養此方面的人才。
成大雖然沒有系統生物學的整合資源,但本人及本人的合作者將努力在成大培養具有系統生物學專長的學生,並期望能使成大在系統生物學的研究領域佔有一席之地。
歡迎有遠見願意學習的學生加入本實驗室!
系統生物學是21世紀的顯學,擁有此方面專長絕對會使你未來的人生更有競爭力!
進入本實驗室你將學會的能力有
1.
會使用Python程式語言 
2.
會建構網頁資料庫及網頁伺服器   
3.
會用英文寫出研討會投稿文章
¨  2014年博班畢業生楊子賢一畢業就進入台積電工作
¨
2013
年碩班畢業生朱美惠、2014年碩班畢業生洪柏丞、2019年碩班畢業生朱禹涵2020年碩班畢業生陳品豪、2022年碩班畢業生許家偉一畢業就進入聯發科工作
¨ 202
1年碩班畢業生薛勝謙、2022年碩班畢業生李東恩一畢業就進入群聯工作
¨
202
0年碩班畢業生何修頤、2021年碩班畢業生嚴翰城一畢業就進入美光工作


顯示本實驗室的訓練非常紮實,畢業生不必擔心找不到好工作!




前端網頁工程師 Front-end Web Developer

 

工作內容: 
1. 與設計師合作打造平台前端
web介面
 
2. 與
PM一起改善使用者體驗
 
3. 設計架設後端資料庫並優化服務效能必備條件:
 
   熟
Python或其他web開發程式語言(PHP/Java/Ruby, etc.)
 
   熟
MySQL關聯式資料庫
 
   熟
Web Framework (MVC/MTV, etc.)架構
 
   熟
CSS / Javascript / jQuery / bootstrap
 
   熟
Git or SVN 任一版本控制工具
 
   熱愛程式設計,喜歡學習新技術與高度重視程式開發品質加分條件:
 
   懂
Linux / Ubuntu (有架設服務經驗)
 
   懂
Unit-Test 相關經驗
 
   有參與
Open Source開發經驗
 
   可附上
github或其他作品
薪資範圍:
 
NT$ 50,000 - NT$ 70,000 (依照經驗與能力)

 

本實驗室研究方向有三:

I.  演算法開發
II. 網頁資料庫及網頁伺服器建立
III. 用資料分析方式去解答有趣的生物問題

HOW WILL YOU MEASURE YOUR LIFE?  by CLAYTON M. CHRISTENSEN

I.  如何樂在工作?
II. 如何與家人常保幸福?
III. 如何擁有正直的人生?


本實驗室暑假不開放學生到業界實習!
實驗室每人有固定座位、一台電腦、獎助學金(金額依據表現、人數及計畫經費而定)。
實驗室定期辦理迎新送舊及尾牙聚餐。
計算系統生物學為新興領域(使用資訊演算法有系統研究生物問題),研究題目多如牛毛,絕無不知研究啥的窘境。
相關期刊審核論文速度極快,投稿一般兩個月就可知道結果。
如果實力夠強,一年內可發表兩到三篇論文。
博士班發表BMC等級之期刊論文兩篇(第一作者)即可畢業,我絕不留人(厲害者可拼三年畢業)。
博士班符合畢業標準後,若想申請千里馬赴國外研究一年,我必全力促成。
目前全世界各大學都在成立系統生物學相關系所,日後申請教職必定比電機其他領域的土博吃香!
碩士班我會盡全力指導,若能按照我規劃之進度執行,兩年必可準時畢業(厲害者可拼一年畢業)。
碩士班要將自己的研究寫成英文投稿論文,投去研討會方能畢業。(沒有要求一定要上,純粹是要看看這領域的專家怎麼評價你的研究成果)
將來電機產業必定要跨入生物科技的應用領域,碩士班有系統生物學的訓練,相信將來在公司裏的發展潛力,必定比一般電機人更高!
研究所需之相關生物知識及資訊處理技巧我會傾囊相授,讓你在最短的時間內瞭解計算系統生物學的內涵。
本實驗室的研究主題為基因網路之演算法開發及程式模擬,因此需要會使用Python
本實驗室的研究主題為生物資料庫和伺服器建立,因此需要會使用Python, Java Scripts程式語言。

 

  

榮譽及獎勵
  •  

  • (2022)  111年度國立成功大學電資學院深耕國際面向經費補助12萬元

  • (2022)  第一個顧問案20萬元(昶裕公司)+捐款系上10萬元(有額外收入,讚啦!)

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  • (2021)  我今年發表論文數10創歷史新高(繼續這樣衝下去能拿傑出研究獎嗎?)

  • (2021)  第三個產學合作案100萬元(幫凱納公司開發生產大數據分析軟體)(有額外收入,讚啦!)

  • (2021)  第二個產學合作案30萬元(幫昶裕公司開發區塊鏈演算法)(有額外收入,讚啦!)

  • (2021)  第一個產學合作案100萬元(幫凱納公司開發APP)(有額外收入,讚啦!)

  • (2021)  110年度國立成功大學電資學院彈性薪資補助24萬元。(這是我的天花板? 連續三年都只有這樣,大概上不去了?)

  • (2021)  我們的兩篇研究被APBC2021接受口頭報告並轉投到BMC系列期刊(其中一篇轉投的期刊太爛,故放棄刊登)

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  • (2020)  109年度科技部工程司控制學門複審委員

  • (2020)  109年度科技部工程司智慧計算學門發展重點規劃委員

  • (2020)  109年度國立成功大學電資學院彈性薪資補助24萬元(每年出一堆papers的我跟每年出1paper而已的人,彈薪每個月只差1萬元,看來寫papersCP值真的是有夠低,我應該把精力放在找產學計畫來做,對收入而言才比較有感!)

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  • (2019) 台灣蛋白體學會年會壁報論文競賽特優(陳健生老師之碩班學生研究成果)。

  • (2019)  美國韋恩州立大學、西北大學、芝加哥大學訪問學者(July and August)。

  • (2019)  109年度補助科學與技術人員國外短期研究10個月。(因武漢肺炎故放棄不用)

  • (2019)  108年度國立成功大學電資學院彈性薪資補助24萬元

  • (2019)  108年度科技部工程司控制學門複審委員

  • (2019)  108年度科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者計畫三年期(有面子沒裡子,還得被一群外行的審核委員挑毛病,以後不申請了)

  • (2019)  108年度中國電機工程師學會高雄市分會傑出電機工程教授獎

  • -----------------------------------------------------------------

  • (2018)  107年度國立成功大學電資學院彈性薪資補助12萬元。(全電資院只有排名前1/343位老師可以拿到此補助,因算分公式對我這種純學術研究而無產學計畫者不利不然以我研究表現,應可拿到更高補助才對!)

  • (2018)  國立成功大學卓越學術研究補助17萬元

  • (2018)  ISEGB2018 invited talk

  • (2018)  美國韋恩州立大學、西北大學、芝加哥大學訪問學者(July and August)。

  • (2018)  國立成功大學鼓勵發表國際頂尖期刊獎勵7萬元

  • (2018)  國立成功大學國際頂尖期刊獎

  • (2018)  參與芝加哥大學李亨啓教授的研究榮登NAR database

  • (2018)  參與芝加哥大學李亨啓教授的研究榮登NAR web server

  • (2018)  參與芝加哥大學李亨啓教授的研究榮登Science

  • (2018)  107年度科技部工程司控制學門發展重點規劃委員

  • (2018)  107年度科技部工程司控制學門複審委員

  • -----------------------------------------------------------------

  • (2017)  106年度科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者計畫兩年期(有面子沒裡子)

  • (2017)  美國韋恩州立大學、西北大學、芝加哥大學訪問學者(July and August)。

  • -----------------------------------------------------------------

  • (2016)  美國芝加哥大學生態與演化學系訪問學者8個月(2016/7-2017/2)。

  • (2016)  105年度科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者計畫決選(最後沒上)。

  • (2016)  國立成功大學電資學院獎勵學生參與學術競賽計畫3

  • -----------------------------------------------------------------

  • (2015)  105年度補助科學與技術人員國外短期研究9個月

  • (2015)  Best Paper Award of GIW/InCoB2015 (博士班學生邱家軍的論文)

  • (2015)  我們的五篇研究被GIW/InCoB2015接受口頭報告並轉投到BMC系列期刊 (本實驗室為GIW/InCoB2015中單一實驗室被接受最多文章者)。

  • (2015)  國立成功大學電資學院明日之星獎助計畫25

  • (2015)  德國海德堡大學跨領域科學計算中心訪問學者一個月(July)。

  • -----------------------------------------------------------------

  • (2014)  德國海德堡大學跨領域科學計算中心訪問學者一個月(July)。

  • (2014)  我們的兩篇研究被GIW2014接受口頭報告並轉投到BMC Systems Biology

  • (2014)  我們的四篇研究被InCoB2014接受口頭報告並轉投到BMC系列期刊 (本實驗室為InCoB2014中單一實驗室被接受最多文章者)。

  • (2014)  科技部及國立成功大學補助教師出國參加研討會經費 (放棄沒用)。

  • (2014)  國立成功大學電資學院研究扶植計畫6萬元

  • (2014)  國立成功大學電資學院高品質、高排名論文獎助計畫4

  • (2014)  國立成功大學電資學院明日之星獎助計畫60萬元

  • ------------------------------------------------------------------

  • (2013)  國立成功大學電資學院論文出版費補助18萬元。(跟院長要來的)

  • (2013)  我們的三篇研究被GIW2013接受口頭報告並轉投到BMC Systems Biology (本實驗室為GIW2013中單一實驗室被接受最多文章者)。

  • -------------------------------------------------------------------

  • (2012)  ISEGB2012 invited talk

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  • (2011)  我們的研究被ICSB2011733篇投稿摘要中選為103位演講者之一,在三百多位聽眾面前發表我們的研究。

  • (2011)  我們的酵母菌啟動子資料庫(http://ypa.ee.ncku.edu.tw)被選為Nucleic Acids Research期刊的featured article

  • --------------------------------------------------------------------

  • (2010)  SiPS2010 invited talk

  • (2010) 國科會傑出學者養成計畫(個別型)三年期

  • --------------------------------------------------------------------

  • (2009) 台灣生物資訊與系統生物學研討會壁報論文競賽優等獎

  • (2007) 國科會菁英留學獎學金130萬元 (Postdoctoral Research Abroad Program Fellowship)

  • (2001) 美國 UC Berkeley, UCSB, UCLA, Purdue, U of Michigan 等知名學府之 EECS博士班入學資格

  • (2000) 斐陶斐榮譽會員  (Phi Tau Phi Scholastic Honor Society)---碩二成績優良

  • (2000) 潘文淵獎學金      (Pan Wen-yuan Memorial Scholarship)---碩一下成績優良

  • (1999) 台灣國際航電獎學金 (GARMIN Corporation’s Scholarship)---碩一上成績優良

  • (1997) 嚴慶齡獎學金     (Yen Tjing Ling Industrial Development Foundation’s Scholarship)---大三下成績優良

  • (1995) 周桐甫先生與周林冰若夫人紀念獎學金---大一下成績優良

  • (1995) 周桐甫先生與周林冰若夫人紀念獎學金---大一上成績優良

     

     

    為下列期刊或研討會的Reviewer

    Journal or Conference Year
    Briefings in Bioinformatics 2022
    BMC Bioinformatics 2021
    PLoS One 2016
    BBA General Subjects 2016
    Knowledge and Information Systems 2016
    Computers in Biology and Medicine 2016
    BMC Genomics 2015
    Microarrays 2015
    DNA Research 2015
    PeerJ 2015, 2018
    APBC 2015: Asia Pacific Bioinformatics Conference 2015
    ICCA 2014: International Conference of Control and Automation 2014
    Genetica 2013
    ICSB-Asia/SCCG 2012 2012
    GIW 2012: International Conference on Genome Informatics 2012
    BMC Systems Biology 2009, 2011, 2012, 2013, 2015
    IJCIC: International Journal of Computational Intelligence in Control 2011
    ISCAS: IEEE International Symposium on Circuits and Systems 2010
    IJDMB: International Journal of Data Mining and Bioinformatics 2009, 2015
    AJC: Asian Journal of Control 2008
    EURASIP: Journal on Advances in Signal Processing 2002
著作
 

Citation statistics of my papers by Google Scholar 

Citation statistics of my papers by ResearchGate 

Citation statistics of my papers by ResearchNCKU

 

My h-index (since 2017)=12 vs. 傑出研究獎得主Dr. Tseng=45    還差好多,真的慘不忍睹!

 

我都笑稱自己是King of BMC (10 BMC Systems Biology, 8 BMC Bioinformatics,  5 BMC Genomics,  1 BMC Plant Biology),希望有一天我的研究能攻入生物主流期刊(IF>5),不必再受困於BMC等級的期刊(曾幾何時BMC排名已經變差,不能再往那投了)。

我的49篇論文登在下列Q1內的期刊:

Journal Year # of papers
BMC Systems Biology 2012 | 2013, 2013, 2013 | 2014, 2014, 2014, 2014 | 2015, 2015 | 10
BMC Bioinformatics 2006 | 2007 | 2008 | 2014 | 2015 | 2017 | 2021 | 2021 | 8
Database 2014 | 2016 | 2017 | 2018, 2018 | 2020 | 6
BMC Genomics 2008 | 2010 | 2014 | 2015, 2015 | 5
PLoS One 2013 | 2016, 2016 | 2017 | 2018 | 5
Computational and Structural Biotechnology Journal 2021 | 2021 | 2021 | 2022 | 4
NAR 2011 | 2018 | 2019 | 3
Scientific Reports (非主要貢獻者) 2017 | 2020 | 2
BMC Plant Biology 2021 | 1
Bioinformatics (非主要貢獻者) 2005 | 1
Genetics (非主要貢獻者) 2015 | 1
Science (非主要貢獻者) 2018 | 1
J. Dent Res (非主要貢獻者) 2021 | 1
Anal. Chemistry (非主要貢獻者) 2021 | 1
Nature Communications (非主要貢獻者) 2022 | 1

 

A. Journal Papers

(2001/09~2007/06) PhD Student (6 papers) 2 BMC Bioinformatics, 1 Bioinformatics

-------------------2005 (1 paper)

1. Chen BS*, Wang YC, Wu WS, Li WH (2005 June): A new measure of robustness of biochemical networks. Bioinformatics, 21(11):2698-2705. 
SCI, impact factor=5.04, Ranking 1% (1/92) in Computer Science & Interdisciplinary Application

-------------------2006 (1 paper)

2. Wu WS*, Li WH, Chen BS (2006 Sept.): Computational reconstruction of transcriptional regulatory modules of the yeast cell cycle. BMC Bioinformatics, 7:421.
SCI, impact factor=3.49, Ranking 11% (3/27) in Mathematical & Computational Biology

-------------------2007 (4 papers)

3. Chen BS*, Wu WS, Wu WS, Li WH (2007 Feb.): On the adaptive design rules of biochemical networks in evolution. Evolutionary Bioinformatics, 2:1-13.
SCI, impact factor=1.23, Ranking 70% (33/47) in Mathematical & Computational Biology

4. Wu WS*, Li WH, Chen BS (2007 June): Identifying regulatory targets of cell cycle transcription factors using gene expression and ChIP-chip data. BMC Bioinformatics, 8:188.
SCI, impact factor=3.49, Ranking 11% (3/27) in Mathematical & Computational Biology

5. Chen BS*, Wu WS (2007 Sept.) Underlying principles of natural selection in network evolution: systems biology approach. Evolutionary Bioinformatics, 3:245-262.
SCI, impact factor=1,23, Ranking 70% (33/47) in Mathematical & Computational Biology

6. Wu WS*, Chen BS (2007 Oct.): Identifying stress transcription factors using gene expression and TF-gene association data. Bioinformatics and Biology Insights, 1:137-145.


 (2007/10~2009/01) Postdoctoral Fellow (4 papers)  1 BMC Genomics, 1 BMC Bioinformatics

-------------------2008 (4 papers)

7. Chen BS*, Wu WS (2008 Feb.): Robust filtering circuit design for gene networks under intrinsic and extrinsic molecular noises. Mathematical Biosciences, 211:342-355.
SCI, impact factor=1.19, Ranking 54% (38/71) in Biology

8. Wu WS*, Li WH, Chen BS (2008 Feb.): Reconstructing a network of stress-response regulators via dynamic system modeling of gene regulation. Gene Regulation and Systems Biology, 2:53-62.

9. Wu WS, Li WH* (2008 Sept.): Identifying gene regulatory modules of heat shock response in yeast. BMC Genomics, 9:439.  (Highly accessed)
SCI, impact factor=4.18, Ranking 15% (21/138) in Biotechnology & Applied Microbiology

10.Wu WS, Li WH* (2008 Dec.): Systematic identification of yeast cell cycle transcription factors using multiple data sources. BMC Bioinformatics, 9:522.
SCI, impact factor=3.49, Ranking 11% (3/27) in Mathematical & Computational Biology


 (2009/02~2013/07) Assistant Professor (10 papers) 1 NAR, 1 BMC Systems Biology

-------------------2009 (0 paper) 太混了!

-------------------2010 (3 papers)

11.Lin Z^, Wu WS^, Liang H, Yoo Y, Li WH* (2010 Oct.): The spatial distribution of cis regulatory elements in yeast promoters and its implications for transcription regulation. BMC Genomics, 11:581.   (^co-first author)
SCI, impact factor=3.76, Ranking 18% (28/152) in Biotechnology & Applied Microbiology

12.Wu WS* (2010 June): Identifying highly confident TF-gene regulatory relationships in yeast. International Journal of Systems and Synthetic Biology, 1(1):121-133. (Invited paper)

13.Lai F, Chang JS, Wu WS* (2010 Dec.): Identifying a transcription factor's regulatory targets from its binding targets. Gene Regulation and Systems Biology, 4:125-133.  

-------------------2011 (4 papers)

14.Wu WS* (2011 Jan.): Different functional gene clusters in yeast have different spatial distribution of the transcription factor binding sites. Bioinformatics and Biology Insights, 5:1-11.  

15.Chang DTH, Huang CY, Wu CY, Wu WS* (2011 Jan.): YPA: an integrated repository of promoter features in Saccharomyces cerevisiae. Nucl. Acids Res., 39(1):D647-D652.
Featured article in NAR (represents the top 5% of NAR papers in terms of originality, significance and scientific excellence!)

SCI, impact factor=7.48, Ranking 10% (27/283) in Biochemistry & Molecular Biology

16.Wu WS* (2011 June): A quantitative robustness measure for gene regulatory networks. International Journal of Computational Intelligence in Control, 3(1):1-8.  (Invited paper)

17.Wang H, Wang YH, Wu WS* (2011 Oct.): Yeast cell cycle transcription factors identification by variable selection criteria. Gene, 485:172-176.
SCI, impact factor=2.416, Ranking 53% (78/146) in Genetics & Heredity

-------------------2012 (2 papers)

18.Yang TH, Wu WS* (2012 Aug.): Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and the ChIP-chip data. BMC Systems Biology, 6:102.
SCI, impact factor=3.15, Ranking 9% (4/47) in Mathematical & Computational Biology

19.Chang DTH, Li WS, Bai YH, Wu WS* (2012 Dec.): YGA: identifying distinct biological features between yeast gene sets. Gene, 518:26-34.
SCI, impact factor=2.341, Ranking 53% (78/146) in Genetics & Heredity

-------------------2013 (6 papers)

20.Xu SSD, Ying H, Carbonell P, Lee CH, Wu WS (2013 May): Fuzzy logic application in control theory and systems biology. Advances in Fuzzy Systems, vol. 2013, Article ID 504728, 1 page, 2013.


(2013/08~2017/07) Associate Professor (24 papers) 9 BMC Systems Biology, 4 Plos One, 3 BMC Bioinformatics, 3 BMC Genomics, 2 Database, 1 Genetics, 1 Sci Rep

出這麼多Papers又有什麼用呢? 指導碩士班所做的研究都好像是在做科展太膚淺了都是雞肋研究!我應該少收碩士生好好靜下心來搞比較大的研究課題!

 

21.Wang H, Chiu CC, Wu YC, Wu WS* (2013 Dec.): Shrinkage regression-based methods for microarray missing value imputation. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S11. 
SCI, 2012impact factor=2.982, Ranking 15% (7/47) in Mathematical & Computational Biology

22.Chiu CC, Chan SY, Wang CC,  Wu WS* (2013 Dec.): Missing value imputation for microarray data: a comprehensive comparison study and a web tool. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S12.
SCI, 2012impact factor=2.982, Ranking 15% (7/47) in Mathematical & Computational Biology 

23.Yang TH, Wu WS* (2013 Dec.): Inferring functional transcription factor-gene binding pairs by integrating transcription factor binding data with transcription factor knockout data. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S13.
SCI, 2012impact factor=2.982, Ranking 15% (7/47) in Mathematical & Computational Biology 

24.Lai FJ, Chiu CC, Yang TH, Huang YM, Wu WS* (2013 Dec.): Identifying functional transcriptional factor binding sites in yeast by considering their positional preference in  
     the promoters
. PLOS ONE, 8(12):e83791.
     SCI, 2012impact factor=3.73, Ranking 13% (7/56) in Multidisciplinary Sciences

25.Juang JN*, Shiau JH, Wu WS (2013 Dec.): A hybrid parameter estimation algorithm for S-system model of gene regulatory networks. Journal of the Astronautical Sciences, 60(3):559-576.
SCI, 2012impact factor=0.697, Ranking 36% (10/28) in Engineering, Aerospace

-------------------2014 (7 papers)

26.Yang TH, Wang CC, Wang YC, Wu WS* (2014 Mar.): YTRP: a repository for yeast transcriptional regulatory pathways. Database, vol. 2014, Article ID bau014.
SCI, 2013impact factor=4.457, Ranking 10% (5/52) in Mathematical & Computational Biology

27.Yang TH, Chang HT, Hsiao ESL, Sun JL, Wang CC, Wu HY, Liao PC*, Wu WS* (2014 Dec.): iPhos: toolkit to streamline the alkaline phosphatase assisted comprehensive LC-MS phosphorproteome investigation. BMC Bioinformatics, 15(Suppl 16):S10.
SCI, 2013impact factor=2.672, Ranking 15% (8/52) in Mathematical & Computational Biology

28.Yang TH, Wang CC, Hung PC, Wu WS* (2014 Dec.): cisMEP: an integrated repository of genomic epigenetic profiles and cis-regulatory modules in Drosophila. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S8.
SCI, 2013impact factor=2.853, Ranking 13% (7/52) in Mathematical & Computational Biology

29.Hung PC, Yang TH, Liaw HJ*, Wu WS* (2014 Dec.): YNA: an integrative gene mining platform for studying chromatin structure and its regulation in Yeast. BMC Genomics, 15(Suppl 9):S5.
SCI, 2013impact factor=4.041, Ranking 18% (29/165) in Biotechnology & Applied Microbiology

30.Lai FJ, Chang HT, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): A comprehensive performance evaluation on the prediction results of existing cooperative transcription factors identification algorithms. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S9.
SCI, 2013impact factor=2.853, Ranking 13% (7/52) in Mathematical & Computational Biology

31.Lai FJ, Jhu MH, Chiu CC, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): Identifying cooperative transcription factors in yeast using multiple data sources. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S2.
SCI, 2013impact factor=2.853, Ranking 13% (7/52) in Mathematical & Computational Biology

32.Wu WS, Wei ML, Yeh CM, DTH Chang* (2014 Dec.): A regulatory similarity measure using the location information of transcription factor binding sites in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S9.
SCI, 2013impact factor=2.853, Ranking 13% (7/52) in Mathematical & Computational Biology

-------------------2015 (6 papers)

33.Su WP, Hsu SH, Chia LC, Lin JY, Chang SB, Jiang ZD, Lin YJ, Shih MY, Chen YC, Chang MS, Yang WB, Hung JJ, Hung PC, Wu WS, Myung K, Liaw HG* (2015 Nov.): Combined interactions of plant homeodomain and chromodomain regulate NuA4 activity at DNA double-strand breaks. Genetics, 115:184432.
SCI, 2014impact factor=5.963, Ranking 13% (21/167) in Genetics & Heredity

34.Chiu CC, Wu WS* (2015 Dec.): Investigation of microRNAs in mouse macrophage responses to lipoposaccharide-stimulation by combining gene expression with microRNA-target information. BMC Genomics, 16(Suppl 12):S13.
SCI, 2014impact factor=3.986, Ranking 16% (26/163) in Biotechnology & Applied Microbiology
SCI, 2017impact factor=3.73, Ranking 23.75% (38/160) in Biotechnology & Applied Microbiology

Best Paper Award of GIW/InCoB 2015

35.Wu WS*, Lai FJ (2015 Dec.): Properly defining the targets of a transcription factor significantly improves the computational identification of cooperative transcription factor pairs in yeast. BMC Genomics, 16(Suppl 12):S10.
SCI, 2014impact factor=3.986, Ranking 16% (26/163) in Biotechnology & Applied Microbiology
SCI, 2017impact factor=3.73, Ranking 23.75% (38/160) in Biotechnology & Applied Microbiology

36.Lai FJ, Chang HT, Wu WS* (2015 Dec.): PCTFPeval: a web tool for benchmarking newly developed algorithms for predicting cooperative transcription factor pairs in yeast. BMC Bioinformatics, 16(Suppl 18):S2.
SCI, 2014impact factor=2.576, Ranking 19% (11/57) in Mathematical & Computational Biology
SCI, 2017impact factor=2.213, Ranking 23.72% (14/59) in Mathematical & Computational Biology

37.Wu WS*, Lai FJ (2015 Dec.): Functional redundancy of transcription factors explains why most binding targets of a transcription factor are not affected when the transcription factor is knocked out. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S2.
SCI, 2014impact factor=2.435, Ranking 23% (13/57) in Mathematical & Computational Biology
SCI, 2017impact factor=2.05, Ranking 28.8% (17/59) in Mathematical & Computational Biology

38.Wu WS*, Wang CC, Jhou MJ, Wang YC (2015 Dec.): YAGM: a web tool for mining associated genes in yeast based on diverse biological associations. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S1.
SCI, 2014impact factor=2.435, Ranking 23% (13/57) in Mathematical & Computational Biology
SCI, 2017impact factor=2.05, Ranking 28.8% (17/59) in Mathematical & Computational Biology

-------------------2016 (3 papers)

39.Wu WS*, Lai FJ, Tu BW (2016 May): CoopTFD: a repository for predicted yeast cooperative transcription factor pairs. Database, vol. 2016, Article ID baw092.
SCI, 2015impact factor=2.627, Ranking 14% (8/56) in Mathematical & Computational Biology
SCI, 2017impact factor=3.978, Ranking 6.78% (4/59) in Mathematical & Computational Biology

40.Wu WS*, Hsieh YC, Lai FJ (2016 July): YCRD: Yeast Combinatorial Regulation Database. PLoS ONE, 11(7): e0159213.
SCI, 2015impact factor=3.057, Ranking 17% (11/63) in Multidisciplinary Sciences 

41.Wu WS*, Lai FJ (2016 Sept): Detecting Cooperativity between Transcription Factors Based on Functional Coherence and Similarity of Their Target Gene Sets. PLoS ONE, 11(9):e0162931.
SCI, 2015impact factor=3.057, Ranking 17% (11/63) in Multidisciplinary Sciences

-------------------2017 (4 papers)

42.Wu WS*, Jhou MJ (2017 Jan.): MVIAeval: a web tool for comprehensively evaluating the performance of a new missing value imputation algorithm. BMC Bioinformatics, 18:31.
SCI, 2016impact factor=2.448, Ranking 18% (10/57) in Mathematical & Computational Biology 
SCI, 2017impact factor=2.213, Ranking 23.72% (14/59) in Mathematical & Computational Biology

43.Su WP, Ho YC, Wu CK, Hsu SH, Shiu JL, Huang JC, Chang SB, Chiu WT, Hung JJ, Liu TL, Wu WS, Wu PY, Su WC, Chang JY, Liaw HG* (2017 June): Chronic treatment with cisplatin induces chemoresistance through the TIP60-mediated Fanconi anemia and homologous recombination repair pathways. Sci Rep, 7(1):3879.
SCI, 2016impact factor=4.259, Ranking 16% (10/64) in in Multidisciplinary Sciences

44.Wu WS*, Tu BW, Chen TT, Hou SW, Tseng JT (2017 July): CSmiRTar: condition-specific microRNA targets database. PLoS ONE, 12(7):e0181231.
SCI, 2016impact factor=2.806, Ranking 23% (15/64) in Multidisciplinary Sciences
SCI, 2017impact factor=2.766, Ranking 23.4% (15/64) in Multidisciplinary Sciences


(2017/08~now) Professor (22 papers) 2 NAR, 1 Science, 4 Database,

期許自己以後只發有impact的論文,不要浪費生命去發一堆雞肋論文了!

可是我只有碩士生可用,要他們做做網站還行,要他們和我一起做有insight的研究,有可能嗎?

 

45.Wu WS*, Chen PH, Chen TT, YY Tseng* (2017 Oct.): YGMD: a repository for yeast cooperative transcription factor sets and their target gene modules. Database, vol. 2017, Article ID bax085.
SCI, 2016impact factor=3.29, Ranking 14% (8/57) in Mathematical & Computational Biology
SCI, 2017impact factor=3.978, Ranking 6.78% (4/59) in Mathematical & Computational Biology

 

-------------------2018 (5 papers)

46.Zhang D, Tu S, Stubua M, Wu WS, Huang WC, Weng Z, Lee HC* (2018 Jan.): The piRNA targeting rules and the resistance to piRNA silencing in endogenous genes. Science, 359(6375):587-592.
SCI, 2018 impact factor=41.063, Ranking 3% (2/69) in Multidisciplinary Sciences  

47.Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Chiu YH, Tsao YH, Nordling TEM, Tseng YY, Tseng JT* (2018 June): HRPDviewer: human ribosome profiling data viewer. Database, vol. 2018, Article ID bay074.
SCI, 2017 impact factor=3.978, Ranking 6.78% (4/59) in Mathematical & Computational Biology

48.Wu WS, Huang WC, Brown J, Zhang D, Song X, Chen H, Tu S, Weng Z, Lee HC* (2018 July): pirScan: a webserver to predict piRNA targeting sites and to avoid transgene silencing in C. elegans. Nucleic Acids Res., 46(W1):W43-W48.
SCI, 2017 impact factor=11.561, Ranking 3.4% (10/292) in Biochemistry & Molecular Biology
 2018IF=11.147, Ranking 4.68% (14/299) in Biochemistry & Molecular Biology

49.Rathod J, Tu HP, Chang YI, Chu YH, Tseng YY, Jean JS, Wu WS* (2018 July): YARG: a repository for arsenic-related genes in yeast. PLoS ONE, 13(7):e0201204.
SCI, 2017 impact factor=2.766, Ranking 23.4% (15/64) in Multidisciplinary Sciences

50.Wu WS*, Tu HP, Chu YH, Nordling TEM, Tseng YY, Liaw HJ*(2018 Oct): YHMI: a web tool to identify histone modifications and histone/chromatin regulators for a gene list in yeast. Database, vol. 2018, Article ID bay116.
SCI, 2020 impact factor=3.451, Ranking 24.14% (14/58) in Mathematical & Computational Biology

 

-------------------2019 (3 papers  這一年我太混了,得重拾寫paper的熱情!)

 

51.Wu WS^, Brown J^, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res.,47(D1):D181-D187.     (^co-first author)
SCI, 2020 impact factor=16.971, Ranking 2.68% (8/298) in Biochemistry & Molecular Biology

52.Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Liaw HJ* (2019 July): p53 binding loci database (p53BLD): a repository for the genome-wide binding loci of human TP53. Clinical Microbiology and Research, doi:10.31487/j.CMR.2018.01.01.    

53.Shah P, Wu WS, Chen CS* (2019 Aug.): Systematical analysis of the protein targets of Lactoferricin B and Histatin-5 using yeast proteome microarrays. Int. J. Mol. Sci.,20:E4218.    
SCI, 2020 impact factor=5.923, Ranking 22.48% (67/298) in Biochemistry & Molecular Biology

 

-------------------2020 (3 papers  這一年我不混了,可是成果還看不出來)

 

54.Wu WS*, Wang LJ, Yen HC, Tseng YY (2020 Nov.): YQFC: Yeast quantitative feature comparator. Database, 2020:baaa076.
SCI, 2020 impact factor=3.451, Ranking 24.14% (14/58) in Mathematical & Computational Biology

55.Du Z, Regan J, Bartom E, Wu WS, Zhang L, Goncharoff DK, Li L* (2020 Dec.): Elucidating the regulatory mechanism of Swi1 prion in global transcription and and stress responses. Sci Rep, 10(1):21838.
SCI, 2020 impact factor=4.379, Ranking 23.29% (17/73) in Multidisciplinary Sciences

56.Lin YH*, Gu S, Wu WS, Wang R, Wu F (2020 Dec.): Analysis and prediction of overloaded extra-heavy vehicles for highway safety using machine learning. Mobile Information Systems, Vol. 2020, Article ID 6667897.
SCI, 2020 impact factor=1.802, Ranking 76.54% (124/162) in Computer Science, Information Systems

 

-------------------2021 (10 papers  這一年我要專心做產學計畫,papers兼著寫就好,結果今年papers數量創歷史新高,其實是收割去年的付出)

 

57.Herianto S, Rathod J, Shah P, Chen YZ,  Wu WS, Liang B, Chen CS* (2021 Jan.): Systematic analysis of phosphatidylinositol-5-phosphate-interacting proteins using yeast proteome microarrays. Anal. Chemistry, 93(2):868-877.    
SCI, 2020 impact factor=6.986, Ranking 9.6% (8/83)
in Chemistry, Analytical

58.Chiu SF, Ho CH, Chen YC, Wu LW, Chen YL, Wu JH, Wu WS, Hung HK, Chiang WF* (2021 Mar.): Malignant transformation of oral potentially malignant disorders in Taiwan: An observational nationwide population database study. Medicine, 100(9):e24934.
SCI, 2020impact factor=1.889, Ranking 58.58% (99/169) in Medicine, General & Internal

59.Chen MY, Chen JW, Wu LW, Huang KC, Chen JY, Wu WS, Chiang WF, Shih CJ, Tsai KN, Hsieh WT, Ho YH, Wong TY, Wu JH*, Chen YL* (2021 Apr.): Carcinogenesis of male oral submucous fibrosis alters salivary microbiomes. J Dent Res, 100(4):397-405.
SCI, 2020 impact factor=6.116, Ranking 5.49% (5/91) in Dentistry, Oral Surgery & Medicine

60.Wu WS*, Tsao YH, Shiue SC, Chen TY, Tseng YY, Tseng JT* (2021 May): A tool for analyzing and visualizing ribosome profiling data at the isoform level. BMC Bioinformatics, 22(Suppl 10):271. 
SCI, 2020impact factor=3.169, Ranking 27.59% (16/58) in Mathematical & Computational Biology

61.Rathod J, Yen HC, Liang B, Tseng YY, Chen CS*, Wu WS*  (2021 June): YPIBP: A repository for phosphoinositide-binding proteins in yeast. Comput Struct Biotechnol J, 19:3692-3707. 
SCI, 2020impact factor=7.271, Ranking 15% (45/298) in Biochemistry & Molecular Biology

62.Hsiao YY, Fu CH, Ho SY, Li CI, Chen YY, Wu WL, Wang JS, Zhang DY, Hu WQ, Yu X, Sun WH, Zhou Z, Liu KW, Huang L, Lan SR, Chen HH. Wu WS*, Liu ZJ*, Tsai WC* (2021 Aug.): OrchidBase 4.0: a database for orchid genomics and molecular biology. BMC Plant Biology, 21:371. 
SCI, 2020impact factor=4.215, Ranking 14.5% (34/235) in Plant Sciences

63.Yang TH, Chiang YH, Shiue SC, Lin PH, Yang YC, Tu KC, Tseng YY, Tseng JT*, Wu WS*  (2021 Sept.): Cancer DEIso: an integrative analysis platform for investigating differentially expressed gene-level and isoform-level human cancer markers. Comput Struct Biotechnol J, 19:5149-5159. 
SCI, 2020impact factor=7.271, Ranking 15% (45/298) in Biochemistry & Molecular Biology

64.Chen JW, Wu JH, Chiang WF, Chen YL, Wu WS, Wu LW (2021 Sept.): Taxonomic and functional dysregulation in salivary microbiomes during oral carcinogenesis. Front Cell Infect Microbiol, 11:663068.
SCI, 2020impact factor=5.293, Ranking 24.3% (33/136) in Microbiology

65.Yang TH, Shiue SC, Chen KY, Tseng YY, Wu WS*  (2021 Oct.): Identifying piRNA targets on mRNAs in C. elegans using a deep multi-head attention network. BMC Bioinformatics, 22:503. 
SCI, 2020impact factor=3.169, Ranking 27.59% (16/58) in Mathematical & Computational Biology

66.Wu WS^, Wu HY^, Wang PH, Chen TY, Chen KR, Chang CW, Lee DE, Lin BH,  Chang CW, Liao PC* (2021 Dec.): LCMD: Lung Cancer Metabolome Database. Comput Struct Biotechnol J, 20:65-78.  (^co-first author)
SCI, 2020impact factor=7.271, Ranking 15% (45/298) in Biochemistry & Molecular Biology

 

-------------------2022 (3 papers  這一年我要專心做產學計畫,papers兼著寫就好,還是要繼續衝研究拚傑出研究獎?)

 

67.Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DN, Lee HC* (2022 Jan.): CLASH Analyst: a webserver to identify in vivo RNA-RNA interactions from CLASH data. Noncoding RNA, 8(1):6. (^co-first author)

68.Wu WS^, Yang TH^, Chen KD, Lin PH, Chen GR, Kuo HC* (2022 Mar.): KDmarkers: A biomarker database for investigating epigenetic methylation and gene expression levels in Kawasaki disease. Comput Struct Biotechnol J, 20:1295-1305. (^co-first author)
SCI, 2020impact factor=7.271, Ranking 15% (45/298) in Biochemistry & Molecular Biology

69.Chen W, Brown J, He T, Wu WS, Tu S, Weng Z, Zhang D, Lee HC* (2022 xx.): GLH/VASA helicases promote germ granule formation to ensure the fidelity of piRNA-mediated transcriptome surveillance. Nature Communications, xx.

 

-------------------2023 (x papers  這一年我要專心做產學計畫 papers兼著寫就好)

 

-------------------2024 (x papers  這一年我要專心做產學計畫 papers兼著寫就好)




B. Conference talks, posters, and papers

See會議論文列表 from 2002/07 to 2014/12

a. 國際會議

24.Wu WS*, Lai FJ (2015 Sept.): Functional redundancy of transcription factors explains why most binding targets of a transcription factors are not affected when the transcription factor is knocked out.  In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Oral) 

25.Lai FJ, Chang HT, Wu WS* (2015 Sept.): PCTFPeval: a web tool for benchmarking newly developed algorithms for predicting cooperative transcription factor pairs in yeast. In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Oral)  

26.Wu WS*, Wang CC, Jhou MJ, Wang YC (2015 Sept.): YAGM: a web tool for mining associated genes in yeast based on diverse biological associations. In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Oral)  

27.Chiu CC, Wu WS* (2015 Sept.): Investigation of microRNAs in mouse macrophage responses to lipoposaccharide-stimulation by combining gene expression with microRNA-target information. In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Oral) 

28.Wu WS*, Lai FJ (2015 Sept.): Properly defining the targets of a transcription factor significantly improves the computational identification of cooperative transcription factor pairs in yeast. In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Oral) 

29.Chiu CC, Jhou MJ, Wu WS* (2015 Sept.): EMVA: an R package for comparing and testing missing value imputation algorithms. In GIW/InCoB 2015: Tokyo, Japan (Poster) 

-------------------

30.Wu WS*, Jiang YX (2019 Sept.): DEIso: a database of differentially expressed isoforms/genes in human cancer. In The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association 2019: Kyoto, Japan (Poster)

31.Wu WS*, Jiang YX (2019 Nov.): DEIso: a database of differentially expressed isoforms/genes in human cancer. In The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB) 2019: Okinawa, Japan (Poster)

32.Wu WS, Lee HC* (2019 Nov.): pirScan: a webserver to predict piRNA targeting sites and to avoid transgene silencing in C. elegans. In The 20th International Conference on Systems Biology (ICSB) 2019: Okinawa, Japan (Poster)

-------------------

 

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b. 國內會議

32.Chang YI, Rathod J, Wu WS* (2016 Nov.): YARG: a repository of yeast arsenic-related genes. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Kaohsiung, Taiwan. (Poster) 

33.Chang CW, Liaw HJ, Wu WS* (2016 Nov.): A viewer of human TP53 genome-wide binding locations. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Kaohsiung, Taiwan. (Poster) 

34.Chang CW, Tseng DC, Wu WS* (2016 Nov.): Ribosome profiling data viewer. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Kaohsiung, Taiwan. (Poster) 

35.Hou SW, Wu WS* (2016 Nov.): YGFA: yeast gene feature atlas. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Kaohsiung, Taiwan. (Poster) 

-------------------

36.Wu WS*, Lai FJ, Chu YH (2017 Dec.): Detecting cooperativity between transcription factors based on functional coherence and similarity of their target gene sets. In 生物資訊暨生技產業發展經驗分享研討會: Tainan, Taiwan. (Poster) 

37.Wu WS*, Chiang YH, Chang JW, Liaw HJ (2017 Dec.): p53BLD: a repository for the genome-wide binding loci of human TP53. In 生物資訊暨生技產業發展經驗分享研討會: Tainan, Taiwan. (Poster)

38.Wu WS*, Huang WC (2017 Dec.): piSCAN: a web tool for predicting and escaping pirna target sites in the input sequence. In 生物資訊暨生技產業發展經驗分享研討會: Tainan, Taiwan. (Poster)

39.Wu WS*, Tu HP (2017 Dec.): YHMI: yeast histone modification identifier. In 生物資訊暨生技產業發展經驗分享研討會: Tainan, Taiwan. (Poster)

40.Wu WS*, Chen TT (2017 Dec.): piRTarDB: piRNA target database. In 生物資訊暨生技產業發展經驗分享研討會: Tainan, Taiwan. (Poster)

-------------------

41.Rathod J, Wu WS, Dhanani AS, Jean JS (2018 Oct.): Dissecting molecular markers of arsenic-related genes in biological systems: reconciliation of existing information and fishing out new genes. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Taipei, Taiwan. (Oral) 

42.Wu WS (2018 Oct.): Identifying piRNA targeting rules in C. elegans. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Taipei, Taiwan. (Invited talk) 

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43.Wu WS*, Liao PC, Wang PX, Chen TY (2019 Nov.): Lung cancer metabolomics database. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Chunan, Taiwan. (Poster)

44. Ho S, Wu WS, Tsai WC* (2019 Nov.): OrchidBase 3.0: a database for orchid genomics and molecular biology. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Chunan, Taiwan. (Poster)

45. Wu WS* (2019 Nov.): A database of the human TP53 genome-wide binding loci. In International Automatic Control Conference (CACS: Keelung, Taiwan. (Oral)

46. Herianto S, Rathod J, Shah P, Chen YZ, Wu WS, Liang B, Chen CS* (2019 Dec.): Yeast proteome microarrays based systematic analysis of phosphatidylinositol-5-phosphate (PI5P)-binding proteins. In Multiomics and Precision Medicine Joint Conference: Tainan, Taiwan. (Poster) 台灣蛋白體學會壁報論文競賽 特優獎

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47. Wu WS* (2020 Nov.): RPiso: a software tool for analyzing and visualizing ribosome profiling data at the isoform level. In International Automatic Control Conference (CACS: Hsinchu, Taiwan. (Oral)

48. Shiue SC, Lee HC, Wu WS* (2020 Dec.): piRNAs preferentially bind to the coding regions of target mRNAs to trigger gene silencing in C. elegans. In International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics: Taipei, Taiwan. (Poster)

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49. Wu WS* (2021 Nov.): DEIso: A database of Differentially Expressed Genes/Isoforms in  Cancers. In International Automatic Control Conference (CACS): Chiayi, Taiwan. (Oral)

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C. Book Chapters

1.  Wu WS, Wang CH, Chiu MC, Chao CC* (2002): Stability analysis of the Turbo decoding algorithm using Max-Log-MAP. In Information, Coding and Mathematics. Edited by Farrell P, van Tilborg H, Blaum M. Boston: Kluwer; 257-278.

2.  Wu WS*, Li WH, Chen BS (2008): Computational reconstruction of transcriptional regulatory modules of the yeast cell cycle. In Analysis of Microarray Data: Network based Approaches. Edited by Emmert-Streib F, Dehmer M. NJ: Wiley; 331-354.

3.  Wu WS* (2015): A computational method for identifying yeast cell cycle transcription factors. In Cell Cycle Oscillators. Methods in Molecular Biology Volume 1342. Edited by Coutts AS, Weston L. NY: Springer; 209-219.

 

 

D. 演講

  PhD student    
1 2004  Jan. 芝加哥大學生態與演化學系李文雄院士實驗室 Quantitative modeling of cis-regulatory circuit
2 2004  Mar. 中華大學電機 Quantitative characterization of transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae cell cycle
3 2005  May 國家理論中心數學組 Computational reconstruction of transcriptional regulatory modules of the yeast cell cycle
4 2006  Oct. IEEE SMC 研討會 Robust filtering circuit design for gene networks under intrinsic and extrinsic molecular noises
5 2007  Sept. 成功大學電機所控制組 Transcriptional regulatory networks of Saccharomyces cerevisiae
  Assistant Professor    
6 2009  Mar. 中研院基因體中心李文雄院士實驗室 Reconstruction of yeast gene regulatory networks
7 2009  Mar. 清華大學電機所系統組 Introduction to systems biology
8 2009  Nov. 陽明大學生醫資訊所 Systematic identification of yeast cell cycle transcription factors using multiple data sources
9 2009  Nov. 國家理論中心數學組 Systematic identification of yeast cell cycle transcription factors using multiple data sources
10 2009  Dec. 成功大學工科所莊哲男老師實驗室 Introduction to the computational challenges of systems biology
11 2010  Apr. 成功大學工科所莊哲男老師實驗室 A survey on the parameter estimation of S-System
12 2010  May 成功大學工科所莊哲男老師實驗室 Microarray missing value estimation
13 2010  June 成功大學環境醫學研究所廖寶琦老師實驗室 Software for mass spectrometry
14 2010  July 第十九屆南區統計研討會 Microarray missing value estimation
15 2010  July 成功大學環境醫學研究所廖寶琦老師實驗室 Differential mass spectrometry
16 2010  Aug. 成功大學植物生物資訊與系統生物學暑期課程 Introduction to computational systems biology
17 2010  Oct. IEEE SiPS 研討會 Identification of yeast cell cycle transcription factors using dynamic system model
18 2010  Dec. 國際統計學術研討會 Yeast cell cycle transcription factors identification by an algorithm with variable selection criteria
19 2011  Apr. 我的"生物資料整合與分析"課堂上 Robust imputation method for missing values in microarray
20 2011  Aug. 成功大學蛋白質體學之原理與應用暑期課程
A strategy for identifying phosphopetides by combining experimental and computational analyses
21 2011  Aug. ICSB 研討會
A hybrid parameter estimation algorithm for S-system model of gene regulatory networks
22 2012 Mar. 中研院資訊所
Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and ChIP-chip data
23 2012  May 國家衛生研究院
(Division of Biostatistics and Bioinformatics)
Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and ChIP-chip data
24 2012  Aug. 成功大學蛋白質體學之原理與應用暑期課程
A strategy for identifying phosphopetides by combining experimental and computational analyses
25 2012  Sept. 2012 Yeast Meeting
YPA and YGA: a yeast promoter database and a yeast gene sets analyzing web server
26 2012  Oct. The 2nd Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics
Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and ChIP-chip data
27 2012  Dec. GIW2012 研討會
YGA: identifying distinct biological features between yeast gene sets
28 2013  Jan.

成大、廈大、浙大電機與資訊技

術研討會
Introduction to my computational systems biology lab
  Associate Professor    
29 2013  Aug. 成功大學蛋白質體學之原理與應用暑期課程
A strategy for identifying phosphopetides by combining experimental and computational analyses
30 2013  Nov. 元智大學電機所控制組 Introduction to systems biology
31 2014  Mar. Kyoto University - National Cheng Kung University Joint Seminar on Informatics
A hybrid parameter estimation algorithm for S-system model of gene regulatory networks
32 2014 May 中研院資訊所
A hybrid parameter estimation algorithm for S-system model of gene regulatory networks
33 2014 July IWR of Heidelberg University
Introduction to parameter estimation problems for S-system model of gene regulatory networks
34 2014 July IWR of Heidelberg University - National Cheng Kung University Mini-Workshop
An algorithm to identify key transcription factors (TFs) which regulate genes in mouse macrophages under LPS stimulus
35 2014 Sept. 成功大學電機所李國君及張天豪老師實驗室 SNP-based Bayesian networks can predict oral mucositis risk in autologous stem cell transplant recipients
36 2014 Oct. 成功大學電機所李國君及張天豪老師實驗室 Personalized medicine for mucositis: Bayesian networks identify unique gene clusters which predict the response to SCV-07 for the attenuation of chemoradiation-induced oral mucositis
37 2014 Nov. 成功大學電機所李國君及張天豪老師實驗室 Introduction to systems biology
38 2014 Nov. 中研院生物多樣性中心
YTRP: a repository for yeast transcriptional regulatory pathways
39 2015 Mar. 中央大學系統生物與生物資訊學研究所 Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and ChIP-chip data
40 2015 Mar. 中正大學通訊所/電機所 Microarray missing value estimation
41 2015 Mar. 成功大學電機所李國君及張天豪老師實驗室 Introduction to SNP
42 2015 July IWR of Heidelberg University
Developing an algorithm to identify key transcription factors which regulate genes in mouse macrophages under LPS stimulus
43 2015 Sept. GIW/InCoB2015 研討會 Functional redundancy of transcription factors explains why most binding targets of a transcription factors are not affected when the transcription factor is knocked out
44 2015 Sept. GIW/InCoB2015 研討會 Computational identification of cooperative transcription factor pairs in yeast: a newly developed algorithm and a web tool for performance evaluation
45 2016 Sept. Prof. Manyuan Long lab retreat (University of Chicago) Functional redundancy of transcription factors explains why most binding targets of a transcription factors are not affected when the transcription factor is knocked out
46 2016 Oct.

Seminar in Department of Biochemistry & Molecular Biology (Colorado State University)

Computational reconstruction of the Transcriptional Regulatory Modules (TRMs) in yeast
47 2017 Apr. 交通大學統計所 How to do bioinformatic algorithm research? 
48 2017 May 成功大學工科所 How to do bioinformatic algorithm research?
49 2017 May 彰師大電機所 How to do bioinformatic algorithm research?
  Professor    
50 2018  Mar. 成功大學尖端學術交流研究社會議
51 2018  Oct. ISEGB2018
52 2018  Nov. 清大電機所
How to do algorithm research in computational biology? 
53 2019  Apr. 成大口腔微生物體團隊會議
Alternations in oral bacterial communities are associated with risk factors for oral and oropharyngeal cancer
54 2019  Nov. CACS2019
A database of the human TP53 genome-wide binding loci
55 2020  Aug. 成大醫學院
可以和醫生合作的題目介紹
56 2020  Nov. CACS2020
RPiso: a software tool for analyzing Ribo-seq data at the isoform level
57 2021 Apr. Prof. Heng-Chi Lee lab meeting (University of Chicago) piRNAs preferentially bind to the coding regions of target mRNAs to regulate gene expression in C. elegans
58 2021 Oct. Prof. Heng-Chi Lee lab meeting (University of Chicago) CIMS (Crosslinking-Induced Mutation Sites) analysis
59 2021  Nov. CACS2021
DEIso: a database of differentially expressed genes/isoforms in cancers
60 2021 Nov. 蘭花產學未來趨勢國際研討會 OrchidBase: a database for orchid genomics and transcriptomics
61 2022 Mar. Prof. Heng-Chi Lee lab meeting (University of Chicago) piRNAs preferentially recognize coding regions of target RNAs to trigger gene silencing in C. elegans
       

 

E. 研究合作對象

單位 合作者 論文篇數 發表論文
美國韋恩州立大學醫學院 曾彥淵老師 8 Database 2017, Database 2018, Database 2018, PLoS One 2018, Database 2020, BMC Bioinformatics 2021, Comput Struct Biotechnol J 2021, BMC Bioinformatics 2021,
美國芝加哥大學分子遺傳及細胞生物學系 李亨啓老師 5 Science 2018, NAR 2018, NAR 2019, Noncoding RNA 2022, Nature Communications 2022,
成大生科系 廖泓鈞老師 5 BMC Genomics 2014, Genetics 2015, Scientific Reports 2017, Database 2018, Clinical Microbiology and Research 2019
成大電機系 張天豪老師 4 NAR 2011, Gene 2012, BMC Systems Biology 2014, Database 2016
成大生技系 曾大千老師 4 PLoS One 2017, Database 2018, BMC Bioinformatics 2021, Comput Struct Biotechnol J 2021
高雄大學資管系 楊子賢老師 3 Comput Struct Biotechnol J 2021, BMC Bioinformatics 2021, Comput Struct Biotechnol J 2022,
成大食安所 陳健生老師 3 Int J Mol Sci 2019, Anal Chem 2021, Comput Struct Biotechnol J 2021
成大環工系 吳哲宏老師 2 J Dent Res 2020, Front Cell Infect Microbiol 2021
成大環醫所 廖寶琦老師 2 BMC Bioinformatics 2014, Comput Struct Biotechnol J 2021
交大統計所 王秀瑛老師 2 Gene 2011, BMC Systems Biology 2013
中國東南大學土木工程學院 林藝馨老師 1 Mobile Information Systems 2020
成大工科系 莊哲男老師 1 Journal of the Astronautical Sciences 2013
高雄長庚兒童醫院 郭和昌醫師 1 Comput Struct Biotechnol J 2022
成大熱植所 蔡文杰老師 1 BMC Plant Biology 2021
美國西北大學醫學院 Prof. Liming Li 1 Scientific Reports 2020
成大政治系 蒙志成老師 0  
成大生化所 余建泓老師 0  
台大生科系 丁照棣老師 0
中研院基因體中心 莊樹諄老師 0
美國科羅拉多州立大學生化及細胞生物學系 Prof. Laurie Stargell 0
美國史蒂文生大學生物科學系 Prof. Rebecca Burgess 0  
美國普林斯頓大學分子生物學系 Prof. Ned S. Wingreen 0  
NOVARTIS 張洵铣博士 0  
創源生技 邱家軍先生 0  
鑽豹投資 林威宏先生 0  

 

 

F. 研究學習對象

中央研究院 李文雄院士 (研究能量超強,研究是一輩子的志業)

芝加哥大學 龍曼遠老師 (專注於解重要的新基因演化研究課題)

清大電機所 陳博現老師 (研究能量超強,研究是一輩子的志業)

台大生科系 阮雪芬老師 (研究質量兼具,人超好,非常提攜後輩)

成大電機系 林志隆老師 (產學皆強,神人境界,面子裡子都有)

 

研究計畫

一年同時有2件個人型科技部計畫明細: 2017/8~2022/7 (連續5年)

2017/8-2018/7

MOST-105-2221-E-006-203-MY2
MOST-106-2628-E-006--006-MY2

2018/8-2019/7

MOST-106-2628-E-006--006-MY2
MOST-107-2221-E-006-225-MY3

2019/8-2020/7

MOST-107-2221-E-006-225-MY3
MOST-108-2628-E-006-004-MY3

2020/8-2021/7

MOST-107-2221-E-006-225-MY3
MOST-108-2628-E-006-004-MY3

2021/8-2022/7

MOST-108-2628-E-006-004-MY3
MOST-110-2221-E-006-198-MY3

2022/8-2023/7

MOST-110-2221-E-006-198-MY3
?

2023/8-2024/7

MOST-110-2221-E-006-198-MY3
?

 

 

 

產學計畫+彈性薪資 "有感"收入

2021

41+24

2022

xx+24

2023

xx

 

 

1 2008/01~2008/12 NSC-096-2917-I-564-122 (PI)
國科會菁英留學獎學金
用計算方法重建酵母菌適應環境壓力的基因調控網路及其演化過程
2 2009/08~2010/10 NSC-098-2218-E-006-235 (PI)
國科會工程處控制學門新人隨到隨審計畫
發展基因調控網路之強健性度量
3 2010/08~2013/12 NSC-099-2628-B-006-015-MY3 (PI)
國科會生物處傑出學者養成計畫
研究酵母菌促進子的特性及其對轉錄調控的影響
4 2011/08~2015/01 NSC-100-2113-M-006-002-MY3 (co-PI) 以新穎計算機演算法發展利用液相層析質譜儀之非標定定量蛋白質體策略
5  2012/04~2012/12 PI of a subproject
國立成功大學邁向頂尖大學計畫「101年度攻頂研究計畫」
總計畫名稱:
整合生物醫學與資訊科學研究技術來探討分子發炎的反應機制—以巨噬細胞為研究模式
子計畫名稱:
重建各種刺激影響之基因調控網路:發炎巨噬細胞內的基因體聯絡
  計畫沒獲國科會生物處補助 (實驗室經費斷炊)
(Shame on whom?)
此計畫內容發表兩篇BMC Systems Biology paper及一篇Database paper
整合染色質免疫沉澱晶片及轉錄因子剃除晶片資料在酵母菌中重建轉錄調控網路
6  2014/01~2014/12 PI of a subproject
National Cheng Kung University 2014 Top-Notch Project
計畫名稱:
I
ntegration of Engineering Modeling and Optimal Experiment Design for Molecular Mechanism of Inflammation
子計畫名稱:

Reconstruction of Gene Regulatory Networks: Cross-talk of Transcriptomes in Inflamed Macrophages
7  2014/01~2014/12 PI 國立成功大學電資學院明日之星獎助計畫
8  2014/01~2014/12 PI 國立成功大學電資學院研究扶植計畫
9  2014/01~2014/12 PI 國立成功大學電資學院高品質、高排名論文獎助計畫
10  2014/08~2016/10 MOST-103-2221-E-006-174-MY2 (PI)
科技部工程司智慧計算學門專題計畫
解決轉錄體學及蛋白體學高通量實驗資料之缺值問題:提出新的缺值填補演算法、發展全面的效能比較平台及建置易用的網頁伺服器
11  2015/01~2015/12 PI 國立成功大學電資學院明日之星獎助計畫
12  2015/01~2016/08 PI of a subproject
National Cheng Kung University 2015 Top-Notch Project
計畫名稱:
I
ntegration of Engineering Modeling and Optimal Experiment Design for Molecular Mechanism of Inflammation
子計畫名稱:

Reconstruction of Gene Regulatory Networks: Cross-talk of Transcriptomes in Inflamed Macrophages
13 2015/08~2018/07 MOST-104-2320-B-008-002-MY3 (co-PI) 利用大腸桿菌蛋白體微陣列晶片探討抗菌物質間的相乘機制與發現新的相乘組合
14  2016/07~2017/02 MOST-105-2918-I-006-002 (PI)
科技部科學與技術人員短期研究
用計算方法重建轉錄因子合作關係網路及其演化過程
15  2016/01~2016/12 PI 國立成功大學電資學院獎勵學生參與學術競賽計畫
16  2016/08~2018/10 MOST-105-2221-E-006-203-MY2 (PI)
科技部工程司智慧計算學門專題計畫
優秀年輕學者計畫決選(被刷掉)

這個計畫novelty不足? I do not think so!
解決用計算方法預測有合作關係轉錄因子對之研究領域的三大挑戰---找出有預測力的特徵、發展新的演算法及建構網頁資料庫
17  2017/08~2019/10 MOST-106-2628-E-006--006-MY2 (PI)
科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者計畫
(謝謝阮雪芬老師推薦!)
開發酵母菌生物特徵分析網頁工具
18  2018/01~2018/12 PI 國立成功大學卓越學術研究獎助計畫
19 2018/01~2018/12 MOST-107-2321-B-006-007 (co-PI)
科技部生科司先導型計畫
口腔癌前疾病惡轉與唾液微生物相關聯性探勘
20 2018/08~2021/10 MOST-107-2221-E-006-225-MY3 (PI)
科技部工程司控制學門專題計畫

使用核醣體分析及人類蛋白體晶片技術來針對B型肝炎病毒感染尋找可藥物攻擊之目標及預測藥物副作用和藥物間協同作用

21 2018/09~2019/08 成大台達產學計畫(co-PI) 口腔黏膜下纖維化惡轉口腔癌與唾液微生物體交互關聯
22 2019/01~2019/12 MOST-108-2321-B-006-010 (co-PI)
科技部生科司先導型計畫
鑑定高風險惡轉口腔癌前病變的微生物菌相以發展早期診斷之應用
23  2019/08~2022/12 MOST-108-2628-E-006-004-MY3 (PI)
科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者計畫

Science paper的我被沒有的審核委員大肆批評?!  What an insult!

偵測非編碼小型核醣核酸的調控基因: 提出深度學習演算法, 開發網頁工具及創建資料庫

24  2019/08~2022/07 MOST-108-2320-B-006-038-MY3 (co-PI)

解析大腸桿菌蛋白質體與膀胱上皮細胞的分子交互作用

25  2020/07~2021/08 MOST-109-2918-I-006-009 (PI)
科技部科學與技術人員短期研究 因武漢肺炎緣故只好放棄執行
預測線蟲piRNA的目標RNAs
26  2021/03~2022/02 凱納股份有限公司產學計畫 (PI)
凱納人才培育
27  2021/06~2021/11 昶裕國際股份有限公司產學計畫 (PI)
鏈上索引數據庫演算法研究
28  2021/08~2024/07 MOST-110-2221-E-006-198-MY3 (PI)
科技部工程司控制學門專題計畫

開發蘭花體學資料分析平台及創建蘭花體學知識庫

29  2021/08~2024/07 MOST-110-2313-B-006-002-MY3 (co-PI)

鑑定蝴蝶蘭基因組中AP2-RAV基因及研究其蕊住發育調控之功能

30  2021/08~2023/07 MOST-110-2221-E-006-184-MY2 (co-PI)

基於機器學習之永磁無刷馬達預防性故障檢測技術發展與平台建置

31  2021/09~2022/08 凱納股份有限公司產學計畫 (co-PI)

電動輔助自行車動力系統開發及雲端服務系統建置

32  2022/01~2022/12 PI 國立成功大學電資學院深耕國際面向補助計畫
       
       

 

服務

See服務項目列表 from 2009/02~2017/12

135 2018 Feb. 106學年度成大「學生跨國雙向研修獎學金」及「專任教師、博士級研究員及學生出席國際會議補助」審查委員
136 2018 Mar. 科技部工程司智慧計算學門專題研究計畫一件之初審委員
137 2018 Apr. 107學年度成大電機系大學入學資料審查委員
138 2018 Apr. 107年科技部工程司控制學門補助延攬研究學者暨執行專題研究計畫一件之初審委員
139 2018 May 107年科技部工程司控制學門專題研究計畫五件之複審委員
140 2018 May 成大生物科技與產業科學所曾大千老師之碩士班畢業口試
141 2018 June 成大電機所儀器系統晶片組張天豪老師之碩士班畢業口試
142 2018 June 成大電機所控制組鄭銘揚老師之碩士班畢業口試
143 2018 June 中興大學基因體暨生物資訊學研究所劉俊吉老師之博士班畢業口試
144 2018 Aug. 科技部工程司控制學門發展重點規劃委員
145 2018 Sept. 107學年度成大校圖書委員會委員
146 2018 Sept. 107學年度成大電機系課程與圖書委員會委員
147 2018 Sept. 107學年度成大電機系大學部導師
148 2018 Oct. ISEGB2018 poster contest judge
149 2018 Nov. 108學年度成大電機所控制組碩士班甄試入學審查與口試
     
150 2019 Jan.  成大電機所儀器系統晶片組張天豪老師之碩士班畢業口試
151 2019 Feb. 108學年度成大碩士班考試入學監試
152 2019 Mar. 108年科技部生科司生物化學及分子生物學門專題研究計畫一件之初審委員
153 2019 Mar. 108年科技部工程司智慧計算學門專題研究計畫兩件之初審委員
154 2019 Mar. 108年科技部工程司控制學門專題研究計畫一件之初審委員
155 2019 Apr. 108年科技部工程司控制學門專題研究計畫五件之複審委員
156 2019 Apr. 108學年度成大電機系大學入學資料審查委員
157 2019 Apr. 108學年度成大電機所控制組博士班入學審查及口試委員
158 2019 Apr. 108學年度成大電機所控制組秋季班外國學生申請入學審查委員
159 2019 June 成大生物科技與產業科學所曾大千老師之碩士班畢業口試
160 2019 Sept. 108學年度成大電機系學術委員會委員
161 2019 Sept. 108學年度成大校圖書委員會委員
162 2019 Nov. 109學年度成大電機所控制組碩士班甄試入學口試
163 2019 Nov. 科技部工程司智慧計算學門自由型國際合作加值計畫一件之初審委員
     
164 2020 Jan.  成大工科所莊哲男老師之碩士班畢業口試
165 2020 Jan.  成大電機所儀器系統晶片組張天豪老師之碩士班畢業口試
166 2020 Jan.  成大食安所陳健生老師之碩士班畢業口試
167 2020 Feb. 109年科技部工程司產學研究計畫一件之初審委員
168 2020 Mar. 109年科技部工程司智慧計算學門專題研究計畫一件之初審委員
169 2020 Mar. 109年科技部工程司控制學門專題研究計畫一件之初審委員
170 2020 Apr. 109年科技部工程司控制學門專題研究計畫四件之複審委員
171 2020 Apr. 台北醫學大學醫學資訊研究所教師升等外審委員
172 2020 July  成大電機所儀器系統晶片組張天豪老師之碩士班畢業口試
173 2020 July  成大食安所陳健生老師之碩士班畢業口試
174 2020 Aug. 科技部工程司智慧計算學門發展重點規劃委員
175 2020 Sept.  成大電機所控制組莊智清老師博士班畢業組內口試
176 2020 Sept. 109學年度成大電機系學術委員會委員
177 2020 Sept. 110學年度陽明大學與亞東醫院研究合作計畫一件之初審委員
178 2020 Oct. 110學年度成大電機所控制組博士班甄試入學審查及口試
179 2020 Oct. 110學年度成大電機所控制組碩士班甄試入學審查及口試
180 2020 Oct. 幫多位導生(廖一儒、張宏瑜、李奕勳林柏維張辰維蕭琬臻劉祐誠李祥瑋吳元程黃崇傑)寫研究所推甄之推薦信
     
181 2021 Mar. 110年科技部生科司新興學門專題研究計畫兩件之初審委員
182 2021 Mar. 110年科技部工程司智慧計算學門專題研究計畫一件之初審委員
183 2021 Mar.  成大電機所控制組莊智清老師博士班畢業組內口試
184 2021 Apr. 110年科技部工程司智慧計算學門大專學生研究計畫15件之初審委員
185 2021 July  成大電機所儀器系統晶片組張天豪老師之碩士班畢業口試
186 2011 July 成大生物科技與產業科學所劉宗霖老師之碩士班畢業口試
187 2021 Aug. 110學年度成大電機系控制組召集人
188 2021 Aug. 台灣大學基因體與系統生物學學位學程校外學者專家審查委員
189 2021 Sept. 110學年度成大電機系大學部導師
190 2021 Sept. 高雄大學資管系楊子賢老師之碩士班畢業口試
191 2021 Oct. 108年科技部成果報告一件之公共利益審查委員
192 2021 Oct. 109年科技部成果報告一件之公共利益審查委員
193 2021 Oct.  成大電機所控制組莊智清老師博士班畢業組內口試
194 2021 Nov. 111學年度成大電機所控制組碩士班甄試入學審查及口試
195 2021 Nov. 111學年度成大電機所控制組博士班甄試入學審查及口試
196 2021 Dec.  成大電機所控制組莊智清老師博士班畢業組內口試
     
197 2022 Jan. 高雄大學資管系楊子賢老師之碩士班畢業口試
198 2022 Jan. 111年科技部工程司控制學門工程科技中堅躍升研究計畫一件之初審委員
199 2022 Mar. 111年科技部工程司智慧計算學門優秀年輕學者研究計畫一件之初審委員
200 2022 Apr. 111年科技部工程司智慧計算學門大專學生研究計畫13件之初審委員
201 2022 Apr. 111學年度成大電機所控制組博士班考試入學審查及口試
202 2022 May 2021年科技部工程司大專學生研究計畫創作獎7件之初審委員
203 2022 May 111學年度成大電機系大學甄試入學書審委員
204 2022 June 成大熱植所張文綺老師之博士班畢業口試
     

  

指導學生情況
A. 指導學生  

學生畢業後我才發現其碩論網站內的資料有誤
,真的令我傻眼!
資料整理的邏輯我都交代地非常清楚,他們只是寫程式去整理資料也會出錯,我真是萬萬想不到
無奈的是,我不可能去看他們的
code檢查其正確性,光從最後的網站也很難抓出資料或呈現有bug
從今以後,我要用更嚴格的方式去確保學生做出來的東西是正確的!

 

實驗室聚餐照片


1. 已畢業學生:

博士班
:
 

楊子賢 國立成功大學生物醫學工程學系助理教授 2022/08---now

1 楊子賢(from成大電機系)
(Extra Outstanding)
(English writing is OK)
2014/07
(碩博1+3年畢業)
 
博士論文:
透過圖形演算法整合不同全基因組的高通量實驗數據以建立與分析轉錄調控網路

Constructing and analysing transcriptional regulatory networks via graph algorithm-based integration of different genome-wide high-throughput data

發表論文:
1. Yang TH, Wu WS* (2012 Aug.): Identifying biologically interpretable transcription factor knockout targets by jointly analyzing the transcription factor knockout microarray and the ChIP-chip data. BMC Systems Biology, 6:102.

2. Yang TH, Wu WS* (2013 Dec.): Inferring functional transcription factor-gene binding pairs by integrating transcription factor binding data with transcription factor knockout data. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S13.

3. Lai FJ, Chiu CC, Yang TH, Huang YM, Wu WS* (2013 Dec.): Identifying functional transcriptional factor binding sites in yeast by considering their positional preference in the promoters. PLOS ONE, 8(12):e83791.

4. Yang TH, Wang CC, Wang YC, Wu WS* (2014 Mar.): YTRP: a repository for yeast trancriptional regulatory pathways. Database, vol. 2014, Article ID bau014. 

5. Yang TH, Chang HT, Hsiao ESL, Sun JL, Wang CC, Wu HY, Liao PC*,  Wu WS* (2014 Dec.): iPhos: toolkit to streamline the alkaline phosphatase assisted comprehensive LC-MS phosphorproteome investigation. BMC Bioinformatics, 15(Suppl 16):S10.

6. Yang TH, Wang CC, Hung PC,  Wu WS* (2014 Dec.): cisMEP: an integrated repository of genomic epigenetic profiles and cis-regulatory modules in Drosophila. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S8.

7. Hung PC, Yang TH, Liaw HJ*,  Wu WS* (2014 Dec.): YNA: an integrative gene mining platform for studying chromatin structure and its regulation in Yeast. BMC Genomics, 15(Suppl 9):S5.

2 賴福柔(from成大工科系)
(Outstanding)
(English writing is OK)
2015/07
(實際研究時間四年)
 
博士論文:
用新演算法預測合作轉錄因子對並開發效能指數和網站工具以加速合作轉錄因子對的預測效能評估和比較

A new algorithm to identify cooperative transcription factor pairs and developing performance indices and web tools to expedite prediction performance evaluation and comparison

發表論文:
1. Lai FJ, Chang JS, Wu WS* (2010 Dec.): Identifying a transcription factor's regulatory targets from its binding targets. Gene Regulation and Systems Biology, 4:125-133.

2. Lai FJ, Chiu CC, Yang TH, Huang YM, Wu WS* (2013 Dec.): Identifying functional transcriptional factor binding sites in yeast by considering their positional preference in the promoters. PLOS ONE, 8(12):e83791.

3. Lai FJ,
Chang HT, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): A comprehensive performance evaluation on the prediction results of existing cooperative transcription factors identification algorithms. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S9.

4. Lai FJ, Jhu MH, Chiu CC, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): Identifying cooperative transcription factors in yeast using multiple data sources. BMC Systems Biology,8(Suppl 5):S2.

5. Wu WS*, Lai FJ (2015 Dec.): Properly defining the targets of a transcription factor significantly improves the computational identification of cooperative transcription factor pairs in yeast. BMC Genomics, 16(Suppl 12):S10.

6. Lai FJ, Chang HT, Wu WS* (2015 Dec.): PCTFPeval: a web tool for benchmarking newly developed algorithms for predicting cooperative transcription factor pairs in yeast. BMC Bioinformatics, 16(Suppl 18):S2.

7. Wu WS*, Lai FJ (2015 Dec.): Functional redundancy of transcription factors explains why most binding targets of a transcription factor are not affected when the transcription factor is knocked out. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S2.

8. Wu WS*, Lai FJ, Tu BW, Darby TH Chang (2016 May): CoopTFD: a repository for predicted yeast cooperative transcription factor pairs. Database, vol. 2016, Article ID baw092.

9. Wu WS*, Hsieh YC, Lai FJ (2016 July): YCRD: Yeast Combinatorial Regulation Database. PLoS ONE, 11(7): e0159213.

10. Wu WS*, Lai FJ (2016 Sept): Detecting cooperativity between transcription factors based on functional coherence and similarity of their target gene sets. PLoS ONE, 11(9): e0162931.
3 邱家軍
(English writing is OK)
   

發表論文:
1. Wang H, Chiu CC, Wu YC, Wu WS* (2013 Dec.): Shrinkage regression-based methods for microarray missing value imputation. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S11. 

2. Chiu CC, Chan SY, Wang CC,  Wu WS* (2013 Dec.): Missing value imputation for microarray data: a comprehensive comparison study and a web tool. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S12.

3. Lai FJ, Chiu CC, Yang TH, Huang YM, Wu WS* (2013 Dec.): Identifying functional transcriptional factor binding sites in yeast by considering their positional preference in the promoters. PLOS ONE, 8(12):e83791.

4. Lai FJ, Jhu MH, Chiu CC, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): Identifying cooperative transcription factors in yeast using multiple data sources. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S2.

5. Chiu CC, Wu WS* (2015 Dec.): Investigation of microRNAs in mouse macrophage responses to lipoposaccharide-stimulation by combining gene expression with microRNA-target information. BMC Genomics, 16(Suppl 12):S13.


碩士班
:
   

1 徐少梅 2010/07
碩士論文:
使用淨相關分析來偵測酵母菌細胞週期轉錄因子的調控基因

Using partial correlation analysis to identify the regulatory targets of cell cycle transcription factors in yeast

發表論文:
Lai FJ, Chang JS
Wu WS* (2010 Dec.): Identifying a transcription factor's regulatory targets from its binding targets. Gene Regulation and Systems Biology, 4:125-133.  

2 李文僖 2012/07
碩士論文:
辨別酵母菌基因之間生物學特性之平台

A platform of identifying distinct biological features between yeast gene sets

發表論文:
Chang DTH, Li WS, Bai YH,
Wu WS* (2012 Dec.): YGA: identifying distinct biological features between yeast gene sets. Gene, 518:26-34.

3 詹士瑤 2013/07
碩士論文:
微陣列資料缺值填補方法綜合比較之研究
A comprehensive study on comparison of missing value imputation methods for microarray data

發表論文:
Chiu CC, Chan SY, Wang CC,  Wu WS* (2013 Dec.): Missing value imputation for microarray data: a comprehensive comparison study and a web tool. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S12.

4 葉嘉銘 2013/07
碩士論文:
發展以轉錄因子結合序列為基礎的調控相似度
A regulatory similarity measure between two genes using only transcription factor binding site data

發表論文:
Wu WS, Wei ML, Yeh CM, DTH Chang* (2014 Dec.): A regulatory similarity measure using the location information of transcription factor binding sites in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S9.

5 朱美惠
(English writing is OK)
2013/07
碩士論文:
整合多種實驗資料以預測酵母菌轉錄因子間之合作關係
Identifying cooperative transcription factors in yeast using nucleosome occupancy and DNA binding motif data

發表論文:
Lai FJ, Jhu MH, Chiu CC, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): Identifying cooperative transcription factors in yeast using multiple data sources. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S2.

6 洪柏丞(from交大控工系)
(Outstanding)
(English writing is OK)
2014/07
碩士論文:
YNA:整合染色質結構調控資訊以探索酵母菌全基因組之平台
YNA: an integrated repository of genomic chromatin structure regulation data for global gene investigation in Yeast

發表論文:
1. Hung PC, Yang TH, Liaw HJ*,  Wu WS* (2014 Dec.): YNA: an integrative gene mining platform for studying chromatin structure and its regulation in Yeast. BMC Genomics, 15(Suppl 9):S5.

2. Yang TH, Wang CC, Hung PCWu WS* (2014 Dec.): cisMEP: an integrated repository of genomic epigenetic profiles and cis-regulatory modules in Drosophila. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S8.

3. Su WP, Hsu SH, Chia LC, Lin JY, Chang SB, Jiang ZD, Lin YJ, Shih MY, Chen YC, Chang MS, Yang WB, Hung JJ, Hung PC, Wu WS, Myung K, Liaw HG* (2015 Nov.): Combined interactions of plant homeodomain and chromodomain regulate NuA4 activity at DNA double-strand breaks. Genetics, 115:184432.

7 王鐘慶
(English writing is OK)
2014/07
碩士論文:
YSGM:整合多種酵母菌生物特徵資料以搜尋相似生物特徵的酵母菌基因
YSGM: an integrative repository of diverse biological features for miming similar genes in yeast

發表論文:
1. Chiu CC, Chan SY, Wang CCWu WS* (2013 Dec.): Missing value imputation for microarray data: a comprehensive comparison study and a web tool. BMC Systems Biology, 7(Suppl 6):S12.

2. Yang TH, Wang CC, Wang YC, Wu WS* (2014 Mar.): YTRP: a repository for yeast trancriptional regulatory pathways. Database, vol. 2014, Article ID bau014.

3. Yang TH, Wang CC, Hung PC,  Wu WS* (2014 Dec.): cisMEP: an integrated repository of genomic epigenetic profiles and cis-regulatory modules in Drosophila. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S8.

4. Yang TH, Chang HT, Hsiao ESL, Sun JL, Wang CC, Wu HY, Liao PC*,  Wu WS* (2014 Dec.): iPhos: toolkit to streamline the alkaline phosphatase assisted comprehensive LC-MS phosphorproteome investigation. BMC Bioinformatics, 15(Suppl 16):S10.

5. Wu WS*, Wang CC, Jhou MJ, Wang YC (2015 Dec.): YAGM: a web tool for mining associated genes in yeast based on diverse biological associations. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S1.

8 魏旻良 2014/07
碩士論文: (無心撰寫  碩論未能發表成論文 可惜!)
基因共同表現、共同調控、功能相似、蛋白質作用與序列相似度間之關聯研究
Studying the linkage among co-expression, co-regulation, co-function, co-protein interaction and sequence similarity

發表論文:
Wu WS, Wei ML, Yeh CM, DTH Chang* (2014 Dec.): A regulatory similarity measure using the location information of transcription factor binding sites in Saccharomyces cerevisiae. BMC Systems Biology, 8(Suppl 5):S9.

9 張宏存 2015/07
碩士論文:
iPhos: 使用鹼性磷酸酶輔助液相層析質譜技術研究磷酸化蛋白質體的網頁工具
iPhos: a web tool to streamline the alkaline phosphatase-assisted LC-MS phosphoproteome investigation

發表論文:
1. Yang TH, Chang HT, Hsiao ESL, Sun JL, Wang CC, Wu HY, Liao PC*, Wu WS* (2014 Dec.): iPhos: toolkit to streamline the alkaline phosphatase assisted comprehensive LC-MS phosphorproteome investigation. BMC Bioinformatics, 15(Suppl 16):S10.

2. Lai FJ, Chang HT, Huang YM, Wu WS* (2014 Dec.): A comprehensive performance evaluation on the prediction results of existing cooperative transcription factors identification algorithms. BMC Systems Biology, 8(Suppl 4):S9.

3. Lai FJ, Chang HTWu WS* (2015 Dec.): PCTFPeval: a web tool for benchmarking newly developed algorithms for predicting cooperative transcription factor pairs in yeast. BMC Bioinformatics, 16(Suppl 18):S2.

10 周孟諄(from成大電機系) 2016/07
碩士論文:
整合建立一個可全面評估新微陣列缺值填補演算法效能的網頁工具
Construction of a web tool for comprehensively evaluating the performance of a new microarray missing value imputation algorithm

發表論文:
1. Wu WS*, Wang CC, Jhou MJ, Wang YC (2015 Dec.): YAGM: a web tool for mining associated genes in yeast based on diverse biological associations. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S1.

2. Wu WS*, Jhou MJ (2017 Jan.):  MVIAeval: a web tool for comprehensively evaluating the performance of a new missing value imputation algorithm. BMC Bioinformatics, 18:31.

11 王語琤 2016/07
碩士論文: (無心撰寫  碩論未能發表成論文 可惜!)
建立核糖核酸5端未轉譯區上的轉譯調控元件資料庫來探討細胞的蛋白合成的調控機制
Construction of a database of translational regulation motifs in mRNA 5'UTR to explore the control mechanism of protein synthesis

發表論文:
Wu WS*, Wang CC, Jhou MJ, Wang YC (2015 Dec.): YAGM: a web tool for mining associated genes in yeast based on diverse biological associations. BMC Systems Biology, 9(Suppl 6):S1.

12 凃博文 2016/07
碩士論文:
建立特定疾病或組織中的微核醣核酸-標靶基因關係的資料庫
Construction of a database which provides disease-specific or tissue-specific miRNA-target relationships

發表論文:
1. Wu WS*, Lai FJ, Tu BW, Darby TH Chang (2016 May): CoopTFD: a repository for predicted yeast cooperative transcription factor pairs. Database, vol. 2016, Article ID baw092.

2. Wu WS*, Tu BW, Chen TT, Hou SW, Tseng JT (2017 July): CSmiRTar: condition-specific microRNA targets database. PLoS ONE, 12(7):e0181231.

13 謝彥宸 2016/07
碩士論文:
建立酵母菌基因之組合調控資料庫
Construction of a database of combinatorial regulation of yeast genes

發表論文:
Wu WS*, Hsieh YC, Lai FJ (2016 July): YCRD: Yeast Combinatorial Regulation Database. PLoS ONE, 11(7):e0159213.

14 張哲偉 2017/07
碩士論文:
建立可顯示核醣體在信使核糖核酸上結合位置的視覺化界面
Construction of a viewer which provides ribosome binding positions on mRNAs

發表論文:
Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Chiu YH, Tsao YH, Nordling TEM, Tseng YY, Tseng JT* (2018 June): HRPDviewer: human ribosome profiling data viewer. Database, vol. 2018, Article ID bay074.

15 侯尚緯 2017/07
碩士論文:
建立在酵母菌中脂質和蛋白質結合關係資料庫
Construction of a database of lipid-protein binding interactions in yeast

發表論文:
Wu WS*, Tu BW, Chen TT, Hou SW, Tseng JT (2017 July): CSmiRTar: condition-specific microRNA targets database. PLoS ONE, 12(7):e0181231.

16 張哲瑋 2017/07
碩士論文:
建立可顯示人類TP53在基因體內結合位置的視覺化界面
Construction of a viewer of human TP53 genome-wide binding locations

發表論文:
Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Liaw HJ* (2019 July): p53 binding loci database (p53BLD): a repository for the genome-wide binding loci of human TP53. Clinical Microbiology and Research, doi:10.31487/j.CMR.2018.01.01.
17 張永謚 2017/07
碩士論文:
整合建立在酵母菌中與砷反應相關基因之資料庫
Construction of a database of yeast arsenic-related genes

發表論文:
Rathod J, Tu HP, Chang YI, Chu YH, Tseng YY, Jean JS, Wu WS* (2018 July): YARG: a repository for arsenic-related genes in yeast. PLoS ONE, 13(7): e0201204.

18 陳品翰
(1年畢業)
2017/07
碩士論文:
建立酵母菌基因模組資料庫
Construction of a database of yeast gene modules

發表論文:
Wu WS*, Chen PH, Chen TT, YY Tseng* (2017 Oct.): YGMD: a repository for yeast cooperative transcription factor sets and their target gene modules. Database, vol. 2017, Article ID bax085.

19 陳宗德 2018/07
碩士論文:
建立C. elegansC. briggsae內預測piRNA-mRNA交互作用的資料庫
Construction of a database for predicted piRNA-mRNA interactions in C. elegans and C. briggsae

發表論文:
1.  Wu WS*, Tu BW, Chen TT, Hou SW, Tseng JT (2017 July): CSmiRTar: condition-specific microRNA targets database. PLoS ONE, 12(7):e0181231.

2. Wu WS*, Chen PH, Chen TT, YY Tseng* (2017 Oct.): YGMD: a repository for yeast cooperative transcription factor sets and their target gene modules. Database, vol. 2017, Article ID bax085.

3. Wu WS^, Brown J^, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res.,47(D1):D181-D187.  

20 江宇軒
(Outstanding)
2018/07
碩士論文:
建立人類癌症中具差異表現之基因同種型與基因資料庫
Construction of a Database for Differentially Expressed Isoforms and Genes in Human Cancer

發表論文:
1. Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Chiu YH, Tsao YH, Nordling TEM, Tseng YY, Tseng JT* (2018 June): HRPDviewer: human ribosome profiling data viewer. Database, vol. 2018, Article ID bay074.

2. Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Liaw HJ* (2019 July): p53 binding loci database (p53BLD): a repository for the genome-wide binding loci of human TP53. Clinical Microbiology and Research, doi:10.31487/j.CMR.2018.01.01.

3. Yang TH, Chiang YH, Shiue SC, Lin PH, Yang YC, Tu KC, Tseng YY, Tseng JT*, Wu WS*  (2021 Sept.): Cancer DEIso: an integrative analysis platform for investigating differentially expressed gene-level and isoform-level human cancer markers. Comput Struct Biotechnol J, 19:5149-5159. 

21
(做人沒誠信)
2018/07
碩士論文:
YHMI:酵母菌組蛋白修飾偵測器
YHMI: Yeast Histone Modification Identifier

發表論文:
1. Rathod J, Tu HP, Chang YI, Chu YH, Tseng YY, Jean JS, Wu WS* (2018 July): YARG: a repository for arsenic-related genes in yeast. PLoS ONE, 13(7): e0201204.

2. Wu WS*, Tu HP, Chu YH, Nordling TEM, Tseng YY, Liaw HJ*(2018 Oct): YHMI: a web tool to identify histone modifications and histone/chromatin regulators for a gene list in yeast. Database, vol. 2018, Article ID bay116.

22 黃偉哲
(Outstanding)
(1.5
年畢業)
2018/07
碩士論文:
整合建構一網頁工具來針對C.elegans內之轉殖基因做piRNA標靶位置預測與避免基因沉默
Construction of a web tool to predict piRNA targeting sites and to avoid silencing for transgenes in C. elegans

發表論文:
1. Zhang D, Tu S, Stubua M, Wu WS, Huang WC, Weng Z, Lee HC* (2018 Feb.): The piRNA targeting rules and the resistance to piRNA silencing in endogenous genes. Science, 359(6375):587-592.

2. Wu WS, Huang WC, Brown J, Zhang D, Song X, Chen H, Tu S, Weng Z, Lee HC* (2018 July): pirScan: a webserver to predict piRNA targeting sites and to avoid transgene silencing in C. elegans. Nucleic Acids Res., 46(W1):W43-W48.

3. Wu WS^, Brown J^, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res.,47(D1):D181-D187.

23 王啟睿
(控制領域)
2018/07
碩士論文: (碩論沒打算發表成論文)
自抗擾控制技術於捲繞系統之應用與比較
Application and Comparison of Active Disturbance Rejection Control in Roll to Roll System
24 陳威淳
(Deep Learning)
2019/07
碩士論文:
基於深度學習預測線蟲內piRNA-mRNA的標靶關係
Predictions of piRNA-mRNA targeting relationships in C. elegans using deep learning
25 朱禹涵
(Outstanding)
2019/07
碩士論文: (碩論尚未成功發表成論文)
在線蟲中建立一資料庫提供與PRG-1相關聯的tRF及授旗調控的RNA標靶資訊
Construction of a database for PRG-1 associated tRFs and their mRNA targets in C. elegans

發表論文:

1. Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Chiu YH, Tsao YH, Nordling TEM, Tseng YY, Tseng JT* (2018 June): HRPDviewer: human ribosome profiling data viewer. Database, vol. 2018, Article ID bay074.

2. Rathod J, Tu HP, Chang YI, Chu YH, Tseng YY, Jean JS, Wu WS* (2018 July): YARG: a repository for arsenic-related genes in yeast. PLoS ONE, 13(7): e0201204.

3. Wu WS*, Tu HP, Chu YH, Nordling TEM, Tseng YY, Liaw HJ*(2018 Oct.): YHMI: a web tool to identify histone modifications and histone/chromatin regulators for a gene list in yeast. Database, vol. 2018, Article ID bay116.

4. Wu WS^, Brown J^, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan.): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res.,47(D1):D181-D187.

5. Wu WS*, Jiang YX, Chang JW, Chu YH, Liaw HJ* (2019 July): p53 binding loci database (p53BLD): a repository for the genome-wide binding loci of human TP53. Clinical Microbiology and Research, doi:10.31487/j.CMR.2018.01.01.

26 何修頤
(
1.5年畢業)
2020/02
碩士論文: (碩論尚未成功發表成論文)
蘭花基因資料庫:蘭花全基因組共線性及微小RNA-標地基因之比較分析
OrchidBase: comparative genomics of synteny and miRNA-target gene among orchid whole genomes

發表論文:
Hsiao YY, Fu CH, Ho SY, Li CI, Chen YY, Wu WL, Wang JS, Zhang DY, Hu WQ, Yu X, Sun WH, Zhou Z, Liu KW, Huang L, Lan SR, Chen HH. Wu WS*, Liu ZJ*, Tsai WC* (2021 Aug.): OrchidBase 4.0: a database for orchid genomics and molecular biology. BMC Plant Biology, 21:371. 
27 陳廷瑜
2020/07
碩士論文: (無心撰寫  碩論未能發表成論文 可惜!)
口腔癌變研究之微生物體資料庫暨分析平台
DeManPo: A database-embedded microbiome analysis platform for oral carcinogenesis research

發表論文:

1. Wu WS*, Tsao YH, Shiue SC, Chen TY, Tseng YY, JT Tseng* (2021 May): A tool for analyzing and visualizing ribosome profiling data at the isoform level. BMC Bioinformatics, 22(Suppl 10):271. 

2. Wu WS^, Wu HY^, Wang PH, Chen TY, Chen KR, Chang CW, Lee DE, Lin BH,  Chang CW, Liao PC* (2021 Dec.): Lung Cancer Metabolome Database. Comput Struct Biotechnol J, 20:65-78. 
28 陳品豪
 (程度很好可惜無心研究)
2020/07
碩士論文:
整合CLASH資料分析網頁工具
CLASH data analysis web tool

發表論文:
Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DE, Lee HC* (2022 Jan.): CLASH Analyst: a webserver to identify in vivo RNA-RNA interactions from CLASH data. Noncoding RNA, 8(1):6.

29 王來吉
(1年畢業)
2020/07
碩士論文:
YQFC:酵母菌定量特徵分析比較器
YQFC: Yeast Quantitative Feature Comparator

發表論文:
Wu WS*, Wang LJ, Yen HC, Tseng YY (2020 Nov.): YQFC: human ribosome profiling data viewer. Database, 2020:baaa076.

30 嚴翰城
(1年畢業)
 (有感恩的心,令我安慰)
2021/02
碩士論文:
與磷酸肌醇酯結合之酵母菌蛋白質資料庫
YPIsBP: A Repository of Yeast Phosphoinositides-Binding Proteins

發表論文:
1. Wu WS*, Wang LJ, Yen HC, Tseng YY (2020 Nov.): YQFC: human ribosome profiling data viewer. Database, 2020:baaa076.

2. Rathod J, Yen HC, Liang B, Tseng YY, Chen CS*, Wu WS*  (2021 June): YPIBP: A repository for phosphoinositide-binding proteins in yeast. Comput Struct Biotechnol J, 19:3692-3707. 

31 薛勝謙(from成大系統系)
(Extra Outstanding)
2021/07
碩士論文:  (碩論尚未成功發表成論文)
線蟲中piRNA偏好結合區域探討
Investigation of piRNAs preferentially bind region in C. elegans

發表論文:
1. Wu WS*, Tsao YH, Shiue SC, Chen TY, Tseng YY, Tseng JT* (2021 May): A tool for analyzing and visualizing ribosome profiling data at the isoform level. BMC Bioinformatics, 22(Suppl 10):271. 

2. Yang TH, Chiang YH, Shiue SC, Lin PH, Yang YC, Tu KC, Tseng YY, Tseng JT*, Wu WS*  (2021 Sept.): Cancer DEIso: an integrative analysis platform for investigating differentially expressed gene-level and isoform-level human cancer markers. Comput Struct Biotechnol J, 19:5149-5159. 

3. Yang TH, Shiue SC, Chen KY, Tseng YY, Wu WS*  (2021 Oct.): Identifying piRNA targets on mRNAs in C. elegans using a deep multi-head attention network. BMC Bioinformatics, 22:503. 

4. Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DE, Lee HC* (2022 Jan.): CLASH Analyst: a webserver to identify in vivo RNA-RNA interactions from CLASH data. Noncoding RNA, 8(1):6.
32 張哲斌 2021/09
碩士論文:  (碩論尚未成功發表成論文)
蘭花基因資料庫6.0:更新蘭花基因組和轉錄組,開發基因表現、蛋白質結構域和調控工具
OrchidBase 6.0: updated orchid genomes and transcriptomes and development of tools for gene expression, protein domains, and regulation
33 林柏亨 2021/09
碩士論文: 
建立川崎症生物標記資料庫
Construction of a database for Kawasaki Disease biomarker

發表論文:

1. Yang TH, Chiang YH, Shiue SC, Lin PH, Yang YC, Tu KC, Tseng YY, Tseng JT*, Wu WS*  (2021 Sept.): Cancer DEIso: an integrative analysis platform for investigating differentially expressed gene-level and isoform-level human cancer markers. Comput Struct Biotechnol J, 19:5149-5159. 

2. Wu WS^, Wu HY^, Wang PH, Chen TY, Chen KR, Chang CW, Lee DE, Lin BH, Chang CW, Liao PC* (2021 Dec.): Lung Cancer Metabolome Database. Comput Struct Biotechnol J, 20:65-78. 

3. Wu WS^, Yang TH^, Chen KD, Lin PH, Chen GR, Kuo HC* (2022 Mar.): KDmarkers: A biomarker database for investigating epigenetic methylation and gene expression levels in Kawasaki disease. Comput Struct Biotechnol J, 20:1295-1305.
34 許家偉(from成大資工系)
(
1年畢業)
2022/02
碩士論文:
酵母菌多重基因列表分析器
Yeast Multiple Gene Lists Analyzer

發表論文:
1. Wu WS^,
35 李東恩
(from成大系統系)(Outstanding)
2022/09
碩士論文:
整合
Ide

發表論文:
1. Wu WS^, Wu HY^, Wang PH, Chen TY, Chen KR, Chang CW, Lee DE, Lin BH,  Chang CW, Liao PC* (2021 Dec.): Lung Cancer Metabolome Database. Comput Struct Biotechnol J, 20:65-78. 

2.
Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DE, Lee HC* (2022 Jan.): CLASH Analyst: a webserver to identify in vivo RNA-RNA interactions from CLASH data. Noncoding RNA, 8(1):6.
36 廖建錡 2022/09
碩士論文:
整合
Ide
37 陳冠儒
2022/09
碩士論文: pcp
整合
Ide

發表論文:
1. Wu WS^, Wu HY^, Wang PH, Chen TY, Chen KR, Chang CW, Lee DE, Lin BH,  Chang CW, Liao PC* (2021 Dec.): Lung Cancer Metabolome Database. Comput Struct Biotechnol J, 20:65-78. 

2. Wu WS^, Yang TH^, Chen KD, Lin PH, Chen GR, Kuo HC* (2022 Mar.): KDmarkers: A biomarker database for investigating epigenetic methylation and gene expression levels in Kawasaki disease. Comput Struct Biotechnol J, 20:1295-1305.
38 宋士莆
(Deep learning)交給楊子賢老師指導
2022/09
碩士論文:
整合
Ide
39 鄧立昌
(Deep learning)交給楊子賢老師指導
2022/09
碩士論文:
整合
Ide
40 陳致誠(Deep learning)與楊子賢老師共同指導 2022/09
碩士論文: miRNA
整合
Ide
41 黃彥承(Deep learning)與楊子賢老師共同指導 2023/07
碩士論文:
整合
Ide
42 李祥瑋(from成大電機系)
(凱納產學主力)
2023/07
碩士論文:
活體內的微核醣核酸標的資料庫
miRTarCLASH: in vivo microRNA-Target interactions identified from the CLASH data
43 吳佩芩(from成大機械系) 2023/07
碩士論文: 選舉
整合
Ide
44 鍾其融
(from成大電機系)
2023/07
碩士論文:線蟲
整合
Ide
45 鍾松恩
2023/07
碩士論文: circRNA
整合
Ide
46 李秉儒
(Outstanding)
2023/07
碩士論文:蘭花
整合
Ide
47 陳毓凱
(金融大數據分析)
2023/07
碩士論文:
整合
Ide
48 李秉凡
(金融大數據分析)
2023/07
碩士論文:股票
整合
Ide
49 王彥翔
(
金融大數據分析)
2023/07
碩士論文:權證
整合
Ide
50 林鉦平
(金融大數據分析)
2024/07
碩士論文:
財經
Ide
51 王伊婷
(from成大電機系)
2024/07
碩士論文:線蟲
整合
Ide
52 李沅翰
(from成大機械系)
2024/07
碩士論文:
整合
Ide
53 謝鈞霖 2024/07
碩士論文:
蘭花
Ide
54 黃奕淳 2024/07
碩士論文:

Ide
55 盧尚毅
(from成大機械系)
2025/07
碩士論文:

Ide

 

2. 博士班學生:

3. 碩士班學生:許家偉(碩二)、李東恩(碩二)、宋士莆(碩二)、陳冠儒(碩二)、廖建錡(碩二)、陳致誠(碩二)、鄧立昌(碩二)、李祥瑋(碩一)、吳佩芩(碩一)、鍾其融(碩一)、黃彥承(碩一)、鍾松恩(碩一)、李秉儒(碩一)、李秉凡(碩一)、王彥翔(碩一)、陳毓凱(碩一)、王伊婷(預研生)、李沅翰(預研生)、林鉦平(碩零)、謝鈞霖(碩零)、黃奕淳(碩零)、盧尚毅(碩零)

4. 大學部專題生 
              
100學年度(李佶陽高偉倫)
              
101學年度(李佶陽高偉倫)
                                109學年度(李祥瑋蕭琬臻)
                                110學年度(王依婷)
                                112學年度(柯駿宇??)

 

 



5. 大學部
100
學年度
電一甲(
楊家齊古楚裕方念主朱瑀琦劉廷翰李祐安楊嘉豪陳政邑趙 宣江冠霆呂昇鴻曾濟彬廖一儒陳泰仰楊博任林庭宇蔡昇宏)
101學年度 電二甲(方念主朱瑀琦劉廷翰李祐安楊嘉豪陳政邑古楚裕趙 宣、蔣宗霖、江冠霆呂昇鴻曾濟彬廖一儒陳泰仰楊博任、梁皓博、王彥鈞)
102學年度 電三甲(方念主朱瑀琦劉廷翰李祐安楊嘉豪陳政邑古楚裕趙 宣、蔣宗霖、江冠霆呂昇鴻曾濟彬廖一儒陳泰仰楊博任、梁皓博、王彥鈞)
103學年度 電四甲(方念主朱瑀琦劉廷翰李祐安楊嘉豪陳政邑古楚裕趙 宣、蔣宗霖、江冠霆呂昇鴻曾濟彬廖一儒陳泰仰楊博任、梁皓博、王彥鈞)

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
106學年度 電一丙(張芷綺、張宏瑜、陳宥霖李奕勳林柏維柯昱康黃亦宏溫杰麟黃恩良林昕毅吳文歆張辰維黃柏盛蕭琬臻江家瑋劉祐誠李祥瑋)
107學年度 電二丙(張芷綺、張宏瑜、陳宥霖李奕勳林柏維柯昱康黃亦宏溫杰麟黃恩良林昕毅吳文歆張辰維黃柏盛蕭琬臻江家瑋劉祐誠李祥瑋)
108學年度 電三丙(張芷綺、張宏瑜、陳宥霖李奕勳林柏維柯昱康黃亦宏溫杰麟黃恩良林昕毅吳文歆張辰維黃柏盛蕭琬臻江家瑋劉祐誠李祥瑋)
109學年度 電四丙(張芷綺、張宏瑜、陳宥霖李奕勳林柏維柯昱康溫杰麟黃恩良吳文歆張辰維黃柏盛蕭琬臻江家瑋劉祐誠李祥瑋吳元程、黃崇傑紀畬菽)

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

110學年度 電一丙(吳百顓、許峻榮、潘品叡、林業誠許友育郭倍里、簡德彥、康右霖、陳品均、陳鴻愷、張瑋倫、張智行、蔡守柏、蔡元翰、張懋楷、黃雋凱、黃霆瑋、溫杰麟)

 

 

B. 指導學生之特殊榮譽

1  2012 Oct 博士生邱家軍  ISEGB (International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics)口頭報告優選
2  2013 Nov 博士生楊子賢 ISEGB (International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics) The Best Student Oral Presentation Award
3  2013 Dec 博士生邱家軍  GIW (Genome Informatics Workshop)口頭報告
4  2013 Dec 博士生楊子賢  GIW (Genome Informatics Workshop)口頭報告並同時申請到國科會及成功大學參加國際研討會經費補助
5  2013 Dec 碩士生王鐘慶  GIW (Genome Informatics Workshop)口頭報告
6  2014 June 博士生邱家軍  ICCA (International Conference on Control and Automation)口頭報告
7  2014 June 碩士生魏旻良  ICCA (International Conference on Control and Automation)口頭報告
8  2014 July 博士生楊子賢  斐陶斐榮譽會員
9  2014 July 碩士生王鐘慶  斐陶斐榮譽會員
10  2014 July 博士生楊子賢  InCoB (International Conference on Bioinformatics)口頭報告並同時申請到國科會及成功大學參加國際研討會經費補助
11  2014 July 碩士生洪柏丞  InCoB (International Conference on Bioinformatics)口頭報告並申請到國科會參加國際研討會經費補助
12  2014 July 碩士生張宏存  InCoB (International Conference on Bioinformatics)口頭報告
13  2014 Dec 博士生邱家軍  GIW (Genome Informatics Workshop)口頭報告
14  2015 Sept 博士生邱家軍  GIW/InCoB 口頭報告
15  2015 Sept 博士生邱家軍  GIW/InCoB Travel Award
16  2015 Sept 博士生邱家軍  GIW/InCoB Best Paper Award
17  2015 Nov 博士生邱家軍  ISEGB (International Symposium on Evolutionary Genomics and Bioinformatics)口頭報告優選
18  2016 July 碩士生周孟諄  斐陶斐榮譽會員
19  2016 July 碩士生涂博文  斐陶斐榮譽會員
20  2018 Feb 碩士生黃偉哲  研究榮登Science期刊
21  2018 Apr 碩士生黃偉哲  研究榮登NAR期刊
22  2018 July 碩士生黃偉哲  斐陶斐榮譽會員
23  2018 July 碩士生陳宗德  斐陶斐榮譽會員
24  2018 Aug. 2014畢業之博士楊子賢  國立高雄大學資訊管理學系助理教授
25  2019 Jan. 碩士生陳宗德  研究榮登NAR期刊
26  2019 June 碩士生朱禹涵  斐陶斐榮譽會員
27  2021 May 碩士生薛勝謙、李東恩  全國大專校院人工智慧競賽:醫病訊息決策與對話語料分析競賽(醫病資料去識別化)優等
28  2021 June 碩士生薛勝謙  斐陶斐榮譽會員
29  2022 June 碩士生李東恩  斐陶斐榮譽會員
30  2022 June 碩士生陳冠儒  斐陶斐榮譽會員

 

出席之國際會議

  Student  
1 1999 Nov. IEEE International Symposium on Communications (ISCOM): Kaohsiung, Taiwan.
2 2006 Oct. IEEE International Conference on Systems, Man, and Cybernetics (SMC): Taipei, Taiwan.
3 2006 Dec. Conference on Engineering Principles in Biological Systems: Cold Spring Harbor, New York, USA.
  Assistant Professor  
4 2010 Oct. Midwest Yeast Meeting: Evanston, Illinois, USA.
5 2010 Oct. IEEE Workshop on Signal Processing Systems (SiPS): San Francisco, California, USA.
6 2011 Mar. RECOMB Satellite Conference on Computational Proteomics: San Diego, California, USA.
7 2011 Aug. International Conference on Systems Biology (ICSB): Mannheim, Germany.
8 2012 Aug. International Conference on Systems Biology (ICSB): Toronto, Canada.
9 2012 Dec. International Conference on Genome Informatics (GIW): Tainan, Taiwan.
  Associate Professor  
10 2014 June International Conference on Control & Automation (ICCA): Taichung, Taiwan.
11 2014 Dec. International Conference on Genome Informatics (GIW): Tokyo, Japan.
12 2015 July International Conference on Systems Biology of Human Disease (SBHD): Heidelberg, Germany.
13 2015 Sept. International Conference on Genome Informatics/International Conference on Bioinformatics (GIW/InCoB): Tokyo, Japan.
  Professor  
14 2018 Aug. NSF Workshop---Finding Your Inner Modeler (Year 2): Chicago, Illinois, USA.
15 2019 Aug. Rising Stars Symposium in Human Immunology: Chicago, Illinois, USA.
16 2019 Sept.. The 78th Annual Meeting of the Japanese Cancer Association: Kyoto, Japan.
17 2019 Nov. International Conference on Systems Biology (ICSB): Okinawa, Japan.
     
     

陳建仁:學術是我的最愛

學術研究者之研究熱情展現

https://www.youtube.com/watch?v=yiHw8Aui8BU



還保有大聯盟的身手但在研究生涯最後的一段時間留在台灣,只領中華職棒等級的薪水,值得敬佩!
但如果要有大聯盟身手的人在還很年經的時候留在台灣,卻只給得起中華職棒等級的薪水,那是要叫人做功德嗎?

孫明廷:研究經驗 突破自我 2022.5.6

1. Fundamentals, logical thinking, and common sense
2. Listen to your advisor, but also think out of the box
3. Collaborations
4. Comprehensive literature search; Use Google effectively
5. Stay in one field if you could, Be adaptive if you could not
6. English, writing, and presentation is very important
7. Adaptable, can learn new knowledge
8. Not afraid of new things, innovative, think out of box
9. Responsible and trustable
10. Good personality, work well with people
11. Good communication skills (both oral and writing)
12. Proactive, back up by solid quality


我的反思
1.厲害的人其實就是一個problem solver,什麼研究能都做,欠缺背景知識就去學,學完之後再用自己的聰明才智,必能對待解的問題想出自己的解法。孫老師及我的博班指導教授陳博現老師就是跨領域研究的典範,當掌握fundamentals又具備logical thinkingcommon sense,又有什麼問題是不能嘗試去解的呢?
2.當然跨領域研究也不是為轉而轉,能夠在一個領域浸淫夠久,才會累積夠多的成就,成為一方之霸!生物資訊就是這麼一個廣的領域,用資訊方法去研究生物的問題,生物的問題這麼多又廣,一輩子也研究不完!
3.孫老師分享他轉領域通常都是不得已的,為了迎合公司的發展目標或是為了找研究經費,必須去找可以提供資源的題目來做。想想我在台灣學界算是幸福的,自己想做什麼就做什麼,反正就是跟科技部寫計畫要錢,雖然錢不多但也夠我進行研究了!
4.孫老師分享他很享受在學界教育學生所得到的回報跟成就感,雖然在學界錢比較少,但他覺得很值得!想必孫老師指的是帶博士生,看到年輕人對研究有熱情,能夠得英才而教之,當然是人生一大樂事。然而我的學生都是碩士生,對研究沒有什麼熱情,只想趕快畢業去園區賺錢。我只能訓練他們程式技能,讓他們成為我研究堪用的助手,完成一篇碩論之後就好聚好散。每個學生我都得先教後用,而且都只能用一次。這樣的過程不是愉悅的,永遠沒有即戰力可用,力氣都花在訓練學生上,怎能有享受的感覺?可是這就是現實的狀況,雖不滿意但也只能接受了!
5.孫老師分享他預期動機強的學生能夠每天去跟他討論研究,畢竟指導教授要能指導必須要有學生先展現目前的成果,指導教授才能夠給意見及未來開發的方向。其實我早就在這樣做了!我每天都會問學生做得怎麼樣,我要知道他們目前的狀況,我才能夠下達之後該做什麼。這樣的反向操作,才能讓我將沒動機的學生,操作成能當我研究的助手。想想我自己無師自通這種指導方式真的很不錯,將來有一天我成名了也可以來分享我的成功之道!
6.更深層地檢討自己發現我把碩士班學生當小螺絲釘用,他們出去之後也只能做小螺絲釘,沒有獨當一面的能力。以教育國家人才的面向來看,我這樣的指導方式是不夠好的。其實對於資質普普的學生來說,這樣也就夠了!但對於有資質的學生,看到他們能力沒有提升到可以獨立自主做研究或研發,總覺得有點對不起他們。然而,大多數的學生也只是想順利畢業,拿到碩士文憑,去園區當工程師賺錢,對於能學到什麼能力可能也不是很在乎,所以這些擔憂,可能都是我自己在庸人自擾吧!
7.碩士出去工作確實是做小螺絲釘,擔任底層工程師本來就是去實現project manager交代的任務。所以我身兼客戶(提需求)、project manager (規劃實現方式)、產品測試(找bug)、sales (寫論文發表),碩士班學生就是我的底層工程師,幫我把產品做出來而已。
8.博士班的訓練才應該是讓他有獨當一面的能力,我退居顧問的角色就好!所以原來真的是我自己庸人自擾,碩士班訓練他當小螺絲釘即可,不必替他們覺得可惜啊!


一個演算法問題可以做幾種研究? 以偵測cooperative TF pairs演算法為例 2018.01.01

1.
偵測cooperative TF pairs的演算法在文獻中一定有不少,要發展新的演算法之前必須先知己知彼,知道現有演算法好在哪裡壞在哪裡因此可以出一篇review paper來介紹此演算法題目的發展情況及挑戰,不過前提是英文寫作要夠強,目前我仍未敢嘗試
2.
要比較演算法效能好壞,一定要發展全面且客觀的效能評比平台,畢竟每個演算法都說自己最好,老王賣瓜
3.
發展新的演算法。
4.將演算法包裝成網頁工具。

5.
收集每個演算法的預測結果,整理成
database再配合各種相關生物證據資料來幫助生物學家判斷哪些預測比較可信,可以再做深入實驗驗證

"用Deep Learning研究m6A"為題寫一篇review paper   2022.05.25

1.
目前Deep Learning研究m6A這個研究領域,論文至少有30篇了,算是一個不小的領域,但目前還沒有一篇像樣的review paper,正是撰寫的有利時間點
2.我已經看過一些了,心中有些撰寫的想法
3.挑戰自己的英文寫作實力,完成一篇純文字的論文
4. review papercitation數累積會遠大於 original paper,值得投資



如何蒐集相關
papers?
1.用關鍵字搜尋Google Scholar, Pubmed
2.先看review paper
3.根據發表年代,期刊等級,citation數來選須精讀的論文
4.找誰cite經典論文來擴增論文池


如何抽取paper內的重點?
1.研究主題的重要性
2
.
實驗方法解不好
3.高通量實驗發展出來
4.計算領域萌生(rule based---> machine learning---> deep learning)
5.正負資料集製備
6.資料編碼
7.
網路模型
8.
訓練方式
9.效能指標
10.跟之前的研究相比
11.提供資料集及code下載
12.
開發網頁工具


在台灣學術界成功之道 (科技部傑出研究獎得主分享)  2016.01.01

1.
發了一堆papers在學門內卻連科技部計畫複審委員都當不上,代表繼續做下去也不會出頭,該轉研究領域及學門
2.要選容易出頭的研究領域及所屬學門 (寧為雞首
不為牛後)
3.要有傑出研究獎的朋友
4.IEEE Fellow只是名字好聽在爭取成大學術獎項沒用
5.研究做得好
行政職自然找上門
6.多磨練行政職
培養可以選校長的經歷
生醫大數據分析工具及生醫資料(訊)庫之我見  2020.08.01

 

主題概述

隨著生醫實驗技術的發展,特別是次世代定序技術的成熟,現在對於各種生醫研究主題,都很容易產生大數據資料可以分析。因為次世代定序技術的輸出只是一堆reads序列資料,這不是人可以直接理解的,所以必須透過生醫大數據分析工具來作資訊抽取的動作,才能得到對研究主題有用的資訊。譬如說,經過分析工具的處理之後,RNA-seq資料可以得到每個基因的表現量、ChIP-seq資料可以得到每個轉錄因子會結合到的promoters是哪些、CLASH資料可以得到每個miRNAtarget RNA是哪些。因此,有兩個研究領域應運而生:(1)生醫大數據分析工具開發及(2)生醫資料()庫開發。

 

生醫大數據分析工具開發,顧名思義就是開發可以用來分析生醫大數據的工具。這領域隨著各種體學實驗技術不斷地出現及精進,分析工具的需求與日俱增,吸引生物資訊學家積極地投入。分析工具主要分成兩種:(1)命令列工具及(2)網頁工具。命令列工具使用起來很彈性,使用者可以輕鬆地根據自己的需求來更改程式的參數甚至是程式碼,但缺點就是需要使用者有一定的程式安裝、設定及使用的經驗,最好是能有一點程式撰寫的能力。然而這對一些生醫研究者來說,是一個不小的障礙,拖慢了他們的研究進度。為了解決這個問題,生物資訊學家改開發網頁工具,也就是把生醫大數據分析程式包裝成網頁,使用者只要透過網頁把要分析的資料上傳,接著在網頁上設定分析程式的參數,就可以開始執行分析程式,最後便可以得到分析的結果。由於使用的門檻極低,現在網頁工具已經是生物分析工具開發的主流作法。網頁工具要成功,主要是需求(市場)要夠大,效能表現要佳,才會有很多人用,也才會有impact!

 

由於現在很多生醫大數據不斷地被產生及分析,因此產生很多資料及資訊需要儲存,生醫資料()庫開發變成了一個熱門領域。生醫資料庫偏重儲存原始的實驗資料而生醫資訊庫偏重儲存分析實驗資料後得到的有用資訊。生醫資料()庫要成功,主要是儲存的資料()要有價值,能成為生醫研究者做研究的利器以及幫他們省下很多找資訊的時間。

 

國內外發展現況

Nucleic Acid Research (NAR, 2019 IF=11.501)期刊為生醫資料庫及網頁工具領域最頂級的期刊,每年一月會有Database issue,收錄約170個資料庫;每年七月會有Web Server issue,收錄大概80個網頁工具。想要投稿到NAR,必須在規定的時間內送一頁的proposaleditor進行審核,審核通過才能正式投稿送審,然後經過三到四位領域專家的評價後,品質夠好的才能夠在修改之後登在NAR裏。因此能發表在NAR內的資料庫或網頁工具必有極高的水準,其開發者也可視為此領域的佼佼者。以下列出近六年(2015-2020)能夠有作品登在NAR的國內研究者供大家參考:

 

研究者

發表年

網頁工具名稱

清華大學盧錦隆教授

2018

CSAR-web

成功大學吳謂勝教授

2018

pirScan

清華大學楊立威教授

2017

DynOmics

中山大學陳志杰教授

2015

(PS)2

 

研究者

發表年

資料庫名稱

研究領域

交通大學黃憲達教授

2020

miRTarBase 2020

基礎研究相關

成功大學張文綺教授

2019

PlantPAN3.0

基礎研究相關

成功大學吳謂勝教授

2019

pirTarBase

基礎研究相關

長庚大學鄧致剛教授

2018

mSignatureDB

癌症相關

中國醫藥大學鄭維中教授

2017

YM500v3

癌症相關

中國醫藥大學鄭維中教授

2016

DriverDBv2

癌症相關

中興大學劉俊吉教授

2016

Cancer RNA-seq Nexus

癌症相關

清華大學楊立威教授

2016

iGNM 2.0

基礎研究相關

交通大學黃憲達教授

2016

CircNet

基礎研究相關

元智大學李宗夷教授

2016

dbPTM 2016

基礎研究相關

元智大學李宗夷教授

2015

dbSNO 2.0

基礎研究相關

長庚大學鄧致剛教授

2015

CMPD

癌症相關

交通大學黃憲達教授

2015

MethHC

癌症相關

陽明大學王學偉教授

2015

YM500v2

癌症相關

 

近六年(2015-2020)NAR總共收錄了484 Web Severs,台灣的研究者的作品只佔0.8% (4/484)。近六年,NAR總共收錄了998 Databases,台灣的研究者的作品只佔1.4% (14/998)。因此,我們還有很大的進步空間。在此鼓勵台灣的研究者積極投入這兩個領域。尤其是生物資料庫的開發,跨入的門檻其實不高!仔細想想你的研究領域裡面是否已有很好的資料庫能幫助你做研究。如果有,可以想想它是否有不足之處以及如何補足它,這樣你就有建立資料庫的idea了。如果現在還沒有好的資料庫供你使用,那機會更大了,趕快想看看要建一個怎樣的資料庫!如果你做的是你這領域第一個資料庫,那novelty非常高,做得好的話,很有機會可以登在NAR!

  

關鍵研究課題

Ÿ 各種疾病(特別是癌症)資料庫之建立

Ÿ 各種生醫研究課題所需資料庫之建立

Ÿ 各種高通量實驗資料處理演算法及程式開發

Ÿ 各種生醫資訊抽取演算法及程式開發


國際合作對象 2020.10.26

 

我目前已和六位美國學者進行國際合作,正努力增加成大的國際化程度:

     

合作單位

合作學者

合作發表論文

美國西北大學醫學院

Prof. Liming Li

已發表1篇論文

美國科羅拉多州立大學生化及細胞生物學系

Prof. Laurie Stargell

研究進行中

美國史蒂文生大學生物科學系

Prof. Rebecca Burgess

研究進行中

美國韋恩州立大學醫學院

Prof. Yan-Yuan Tseng

已發表5篇論文

美國芝加哥大學分子遺傳及細胞生物學系

Prof. Heng-Chi Lee

已發表3篇論文

美國普林斯頓大學分子生物學系

Prof. Ned S. Wingreen

研究進行中

 

我是酵母菌生物資訊學家,到目前為止的15年研究生涯裡已發表了將近50篇有關酵母菌的演算法、軟體、網頁工具及資料庫,在酵母菌研究領域已經累積了一定的知名度,故吸引了三位美國酵母菌實驗生物學家(Prof. Liming LiProf. Laurie StargellProf. Rebecca Burgess)主動連繫我,想要與我進行國際合作。至於Prof. Yan-Yuan Tseng是我博士後的同事而Prof. Heng-Chi Lee是我在芝加哥大學休假研究時所認識的台籍教授,因此我和他們兩人合作是再自然不過的事了。最後普林斯頓大學的Prof. Ned S. Wingreen則是看到我為Prof. Heng-Chi Lee開發的pirScan網頁工具對他的研究很有用,所以主動來找我合作。

 

以下簡述合作內容:

1.西北大學Prof. Liming Li利用RNA-seq實驗技術得到酵母菌在Prion蛋白出現時會高量表現的一群基因。她想請我用我開發的特徵分析工具來分析這一群基因有何生物特徵,或許可以用來了解細胞出現Prion蛋白後對其運作有何影響。這個研究非常重要,因為Prion蛋白就是狂牛症的致病元凶。如能在酵母菌中對Prion蛋白的致病機轉研究清楚,或許能找到治療人類狂牛症的方法。

2.科羅拉多州立大學Prof. Laurie Stargell研究發現,當酵母菌spn1基因突變後,酵母菌細胞變長壽了。接著,她利用RNA-seq技術得到在spn1基因突變後會高量表現的一群基因。她想請我用我開發的特徵分析工具來分析這一群基因有何生物特徵,或許可以用來解釋為何酵母菌細胞會變長壽。這個研究非常重要,如能在酵母菌中對長壽的機制研究清楚,或許能找到讓人類長壽的方法。

3.美國史蒂文生大學Prof. Rebecca Burgess專長是研究DNA斷裂之後的修復機制。她發現此修復機制跟染色質上的核小體修飾有關,她想請我開發酵母菌核小體分析工具來幫助她分析實驗資料,目前我已經快開發完成,正在做最後測試。這個研究非常重要,如能在酵母菌中對DNA斷裂之後的修復機制研究清楚,或許能找到解決人類癌症及老化的方法。

4.美國韋恩州立大學Prof. Yan-Yuan Tseng專長是用幾何學來預測分子之間的交互作用區,他的電腦能力堪稱是神人級的程度,我們一起合作開發了五個酵母菌的網頁工具及資料庫,是我的好朋友兼長期合作夥伴。

5.美國芝加哥大學Prof. Heng-Chi Lee是研究線蟲piRNA的實驗生物學家,我設計演算法分析他用各種高通量實驗技術所產生的生物大數據,另外也幫他開發pirScan網頁工具及pirTarBase生物資料庫來協助他從事線蟲piRNA的研究。我們的跨領域合作研究成果豐碩,在20182019年間發表了三篇論文在最頂尖的期刊之中(一篇Science, IF=41和兩篇NAR, IF=11)

 6.美國普林斯頓大學Prof. Ned S. Wingreen是一位生物物理學家,他想請我幫忙用我開發的pirScan工具幫他分析在跳躍子(transposons)上的piRNA結合位置,這對我來講是簡單的任務,自然是一口答應他的合作提議,目前已將分析結果送給他了,他正在進行後續的分析及實驗驗證。
我的線蟲piRNA研究論文列表 2022.01.07

1 Zhang D, Tu S, Stubua M, Wu WS, Huang WC, Weng Z, Lee HC* (2018 Feb.): The piRNA targeting rules and the resistance to piRNA silencing in endogenous genes. Science, 359(6375):587-592.  2018 IF=41, Rank=3% (2/64) in Multidisciplinary Sciences
2 Wu WS, Huang WC, Brown J, Zhang D, Song X, Chen H, Tu S, Weng Z, Lee HC* (2018 July): pirScan: a webserver to predict piRNA targeting sites and to avoid transgene silencing in C. elegans. Nucleic Acids Res., 46(W1):W43-W48. 2018 IF=11, Rank=5% (14/298) in Biochemistry & Molecular Biology
3 Wu WS, Brown J, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan.): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res., 47(D1):D181-D187. 2019 IF=11, Rank=5% (14/298) in Biochemistry & Molecular Biology
4 Yang TH, Shiue SC, Chen KY, Tseng YY, Wu WS*  (2021 Oct.): Identifying piRNA targets on mRNAs in C. elegans using a deep multi-head attention network. BMC Bioinformatics, 22:503.  2021 IF=xx, Rank=xx% (xx/xx) in xx
5 Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DN, Lee HC* (2022 Jan.): CLASH Analyst: a webserver to identify in vivo RNA-RNA interactions from CLASH data. Noncoding RNA, 8(1):6.  
6 Chen W, Brown J, He T, Wu WS, Tu S, Weng Z, Zhang D, Lee HC* (2022 xx.): GLH/VASA helicases promote germ granule formation to ensure the fidelity of piRNA-mediated transcriptome surveillance. Nature Communications, xx.  
7 Wu WS^, Brown J^, Chen PH, Shiue SC, Lee DN, Lee HC* (2022 xx.): piRNAs preferentially recognize coding regions of target RNAs to trigger gene silencing in C. elegans. ??, xx.  


我的線蟲研究代表作簡介 2019.12.20

 

本人師承清大電機系陳博現(教育部國家講座)教授,專長是跨領域(計算及生物)的計算系統生物學,主要的研究方向有(1)發展演算法處理生物大數據以建立數學模型來解釋及預測生物系統運作機制;(2)開發網頁程式工具及網頁資料庫來幫助生物學家分析以及查詢生物大數據

本人20171月在芝加哥大學台灣同學會春節聚餐時認識了在芝加哥大學分子遺傳暨細胞生物學系任教剛滿一年的年輕助理教授李亨啓。閒聊之下知道亨啓是研究線蟲piRNA的實驗生物學家,他正在找懂生物的計算學家來合作。他手上有用各種高通量實驗技術所產生的生物大數據急需分析,另外他也急需有人開發適合的程式工具及資料庫來協助他從事線蟲piRNA的研究。正好這些都是本人專精的領域,所以我們就一拍即合,開始密切合作。我們的跨領域合作研究成果豐碩,在20182019年間發表了三篇論文在最頂尖的期刊之中,這三篇論文也就成了本人最具代表性的學術著作。

1 Zhang D, Tu S, Stubua M, Wu WS, Huang WC, Weng Z, Lee HC* (2018 Feb.): The piRNA targeting rules and the resistance to piRNA silencing in endogenous genes. Science, 359(6375):587-592.  2017 IF=41, Rank=3% (2/64) in Multidisciplinary Sciences
2 Wu WS, Huang WC, Brown J, Zhang D, Song X, Chen H, Tu S, Weng Z, Lee HC* (2018 July): pirScan: a webserver to predict piRNA targeting sites and to avoid transgene silencing in C. elegans. Nucleic Acids Res., 46(W1):W43-W48. 2017 IF=11, Rank=3% (10/292) in Biochemistry & Molecular Biology
3 Wu WS, Brown J, Chen TT, Chu YH, Huang WC, Tu S, Lee HC* (2019 Jan.): piRTarBase: a database of piRNA targeting sites and their roles in gene regulation. Nucleic Acids Res., 47(D1):D181-D187. 2018 IF=11, Rank=5% (14/298) in Biochemistry & Molecular Biology

最具代表性之學術著作在學理創新的突破與貢獻:

piRNA是一種在2006年被新發現的non-coding RNA,主要表現在動物的生殖細胞內,其功能是形成基因組的免疫系統,用來區分敵我,辨認出外來基因並抑制其表現,不讓這些外來基因在生殖細胞的基因組內作怪,方可維持生殖細胞基因組的完整性及穩定性。piRNA對生殖細胞的發育非常關鍵,若piRNA異常則會造成不孕,而失去生殖能力的後果最終將造成物種滅絕。piRNA的重要性可見一斑,因此吸引了很多生物學家投入研究,連2006年諾貝爾生醫獎得主Craig Mello的實驗室也都把主力放在線蟲piRNA的研究。 

想要研究piRNA是怎麼區分敵我,首先得知道piRNA辨認其目標基因的結合法則!而要研究piRNA的結合法則,得先知道piRNA會結合的目標基因是那些。因為線蟲內有>17000piRNA>50000個基因,在這麼複雜的網路中,想要知道哪個piRNA辨認哪些基因,無非是天方夜譚。因此,”piRNA辨認目標基因的結合法則一直是piRNA研究中最大的謎團

本人跟美國芝加哥大學分子遺傳暨細胞生物學系李亨啓教授及美國麻州大學醫學院生化暨藥理學系Zhiping Weng教授所組成的成大-芝大-麻大聯合團隊為全世界第一個找出piRNA辨認目標基因結合法則的研究團隊,成功破解piRNA研究中最大的謎團此突破性的研究成果發表在20182月的Science (IF=41)期刊中我們的策略是結合實驗及計算的方式來解此生物難題。實驗部分是由芝大李教授實驗室將一個人造的piRNA注入線蟲體內,接著用高通量實驗技術去產生量測線蟲內每個基因表現的生物大數據。計算部分是由成大本人的實驗室及麻大Prof. Weng的實驗室發展演算法來分析此生物大數據,藉由比較人造piRNA注入前與注入後的基因表現資料,找出在注入人造的piRNA後,表現顯著變低的基因是哪些,這些基因即是此人造piRNA會辨認的target genes!有了piRNA-target gene pairs的資訊之後,成大本人的實驗室及麻大Prof. Weng的實驗室再發展演算法去miningpiRNA辨認目標基因的結合法則:我們發現piRNA辨認目標基因主要是靠seed region (piRNA序列2~7的位置)和目標基因序列完美配對(AU;GC),而在non-seed region(piRNA序列8~21的位置)則可容忍一些序列不配對的情形。舉例如下:

 

 

我們聯合團隊成功的祕訣就是結合不同領域的人才(實驗及計算)一起來研究重要的生物問題我們設計了聰明的實驗再加上有強大的生物大數據分析能力,才能成功找出piRNA辨認目標基因的結合法則。由此可見,我們計算學家的加入真的能讓原本只靠實驗手段久久不能解的生物難題,很快地迎刃而解!


 

過去線蟲生物學家想使用外來物種的螢光蛋白基因當實驗工具來進行生物學研究,會因為被生殖細胞內的piRNA防禦機制所辨認並受到抑制而無法表現,許多研究因此無法順利進行,這問題已經困擾線蟲生物學家20年了。為了解決這個難題,我們實驗室將所發現的piRNA辨認目標基因的結合法則實做成pirScan網頁工具(http://cosbi4.ee.ncku.edu.tw/pirScan/)。根據我們找出的piRNA辨認目標基因的結合法則,可以解釋為何外來物種的核酸序列進到線蟲生殖細胞後通常表現都會受到抑制。進一步透過我們的pirScan網頁工具,則可以更改螢光蛋白基因的核酸序列,以逃脫piRNA的結合而能成功表達螢光蛋白,讓線蟲生物學家可以成功表達他們想在線蟲內表達的核酸序列。也就是說,使用我們的pirScan網頁工具,可以找出piRNA結合位置並依此修正核酸序列本來沒辦法在生殖細胞成功表現的外來基因,現在皆能順利表現,對生物學家而言可說是震撼性突破。pirScan網頁工具於20187月發表在網頁工具最頂尖的期刊NAR (IF=11)裡。 

 

pirScan輸入頁面:

 

 

pirScan輸出頁面:


最新的研究指出piRNA也會辨認線蟲自己的基因,但是除了少數的幾個例子之外,線蟲生物學家對於哪些piRNA會辨認線蟲內的哪些自己基因還是一無所知。為了解決這個難題,我們使用我們開發出來的pirScan去掃描整個線蟲的基因組,將線蟲內每個基因上面可能的piRNA結合位置都找出來,然後將之整理成pirTarBase資料庫(http://cosbi6.ee.ncku.edu.tw/piRTarBase/),提供給全世界的線蟲生物學家使用,這是全世界第一個提供線蟲piRNA-target gene pairs資訊的資料庫 

線蟲生物學家使用我們的pirTarBase便可以知道他們有興趣的基因會被那些piRNA調控,此資訊大大有助於線蟲生物學家研究線蟲基因的功能pirTarBase資料庫於20191月發表在資料庫最頂尖的期刊NAR (IF=11)裡。

 

pirRTarBase輸入頁面:

 

 

pirRTarBase